Kohta neuvostensa paettua oli Juhana herttua ruvennut varustamaan Turun
linnaa sotatarpeilla ja kokoomaan sotaväkeään. Samaan aikaan hän myös
lähetytti useita kirjeitä, koettaen hankkia itselleen apua. Paljon
lohdutusta eivät vastaukset kuitenkaan hänelle tuoneet. Hänen lankonsa
Puolassa ilmoitti mielipahansa siitä, ettei hänellä ollut laivastoa,
millä avuksi tulla. Maunu herttua, jota Juhana Gephartin kautta
houkutteli puolelleen, lähetti kirjeen Eerikille. Yhtä turha oli yritys
saada Svante Sture ja hänen kanssaan Virossa oleva sotavoima avuksi.
Sture vain lupasi, jos mahdollista, sovittaa välit veljesten kesken,
mutta samalla hän vakuutti pitävänsä laillisen kuninkaan puolta ketä
vastaan hyvänsä. Omien voimiensa nojassa oli siis Juhanan
taisteleminen. Siitä huolimatta hän ei vielä ollut peräti
epätoivoissaan.
Kesäkuun 18 p. piti hän suomenkielisen puheen Turun porvaristolle ja
Heikinmarkkinoille kokoontuneelle rahvaalle. "Minä olen", sanoi hän,
"kaikissa tiloissa aina ollut valmis auttamaan veljeäni; mutta hän on
kaikki hyvät tekoni vääryydellä palkinnut. Ensinkin hän vähensi ne
herttualliset oikeudet, jotka olin saanut isältäni, kuningas
vainajalta. Myöhemmin hän on samaten estänyt kaikkia hankkeitani. Nytpä
hän on viimein koonnut tyhmiä talonpoikia valtiopäiville minun asiatani
tuomitsemaan; viisaampia ja korkeasukuisempia ei siellä olekaan läsnä
ollut. Paraikaa hän muurauttaa Tukholmassa minulle pientä vankikomeroa,
missä minun pitäisi istua siksi, kunnes lahoksi märkänen. Ja mikähän on
muka ollut syyni. Minä olen kolme kertaa tarjoutunut koko sotavoimani
kera lähtemään sotaan Tanskaa vastaan. Minä olen ehdoittanut, että hän
ottaisi koko herttuakuntani, kunhan hän maksaisi siitä vain vastaavan
rahasumman. Olenpa viimein luvannut tulla valtiopäiville vastaamaan
hävyttömiin kanteisiin, jos vaan saisin turvakirjan salavehkeitä
vastaan. Mutta Eerikki on aina kieltänyt kaikki. Itsepä hän on aivan
kelvoton hallitsemaan. Katsokaa, kuinka hän jo on tuhlannut ne suuret
raha-aarteet, jotka te olette hiellänne koonneet ja Kustaa kuningas
vainaja säästänyt. Katsokaa, kuinka hän on aivan suotta saattanut
valtakunnan kahteen vaaralliseen sotaan. Kuuluupa nyt venäläinenkin,
jonka kanssa hän ei myöskään ole osannut pysyä sovinnossa, aikovan
kolmantena vihollisena tulla tätä Suomen maata hävittämään. Auttakaa
siis, hyvät miehet ja suomalaiset, minua, niin autatte sillä omaa
itseänne ja koko valtakuntaa!" Tähän puheeseen vastasivat porvarit sekä
talonpojat äänekkäillä hyvä-huudoilla ja vannoivat suojelevansa
herttuata hengellään sekä tavarallaan. Paljon apua heistä ei kuitenkaan
näy olleen, kun vaaran hetki oli tarjona.
Juhanan kieltävää vastausta ei Eerikki ollutkaan malttanut odottaa.
Samana päivänä, jolloin Bjelke läksi Turkuun, oli hän lähettänyt käskyn
kaikille herttuakunnan asukkaille, että heidän piti auttaa kuninkaan
väkeä herttuata vastaan. Samana päivänä lähetettiin myös suomalaiset
aatelisherrat _Iivari Särkilahti, Antti Sabelfana ja Hannu Björnram_
Suomeen, alottamaan sotaa niinpian kuin herttua antaisi kieltävän
vastauksensa. Vähän myöhemmin saapuivat myös _Henrik Horn ja Herman
Fleming_ jäljessä, tuoden noin 8,000 miestä jalkaväkeä. Viimein vielä
saapui neljä lippukuntaa jalkaväkeä ja heidän mukanaan kolme koko- ja
kolme puolikartaunia (eräs tykkilaji). Kaikkiansa kokoontui tällä
tavoin noin 10,000 miestä kuninkaan väkeä. Joukossa olivat paitsi jo
mainitut melkein kaikki Suomen mainioimmat aatelisherrat. Siinä oli
vanha _Niilo Boije_, siinä myös nuori _Klaus Fleming_, Laukon herra,
_Juho Kurki_, saapui myöhemmin Hämeenlinnasta avuksi. Matkallaan hän
oli polttanut ja hävittänyt herttuan kartanoita Satakunnassa. Ruotsista
tuli niinikään myöhemmin laivasto ja asettui merenpuolta vartioimaan.
Viipurista ja Räävelistä olivat myöskin kaikki sotajoukot käsketyt;
mutta niitä ei tarvittukaan panna liikkeelle.
Yksin jätettynä niin suurta ylivoimaa vastaan ei herttua voinut
ajatellakaan taistelua avotantereella. Hänellä oli näet, paitsi pientä
puolalais- ja saksalais-joukkoa, ainoastaan 1,200 Suomen tai Ruotsin
soturia. Juhana sulkeusi siis väkineen Turun linnaan puolustaakseen
itseään siinä, kunnes ehkä Puolasta kuitenkin kerkiäisi apua. Piiritys
alkoi heinäkuun ensipäivinä. Linnalaiset tekivät alusta lujaa
vastarintaa. Kuninkaallista leiriä rakennettaessa he ryntäsivät ulos ja
ajoivat viholliset pakoon. Samoin myös torjuttiin onnellisesti useat
piirittäjien rynnäköt. Yksi tämmöinen yritys kuuluu maksaneen kuninkaan
väelle 600 miestä, kun sitä vastoin linnalaisia, jotka suojan takaa
tappelivat, kaatui ainoastaan 40:n paikoilla. Mutta sittenkin
vihollisen ankara tykkituli ahdisti linnaa yhä kiihkeämmin. Yhtenä
päivänä ammuttiin 183, toisena taas, juuri ennen tuota suurta
rynnäkköä, 536 laukausta. Viimein, kun Klaus Flemingin oli onnistunut
valloittaa etuvarustus _Korpolais-vuorella_, kävi ampuminen vieläkin
vaarallisemmaksi. Eipä ollut nyt enää herttuan puolisonkaan makuukammio
turvassa. Yksi luoti lensi sen läpi ja repi vuoteen uutimen palasiksi.
Pahin kaikista kuitenkin oli se, ettei Juhana herttua voinut
oikein luottaa väkeensä. Suomalaiset soturit, vaikka olivatkin
vannoneet, alkoivat pian osoittaa vastahakoisuutta. Karkasipa heitä
vähä väliä pois piirittäjien puolelle. Luultavasti olivat nämät
saaneet tilaisuuden puhutella heitä ja peloittaa niillä kovilla
rangaistuksilla, jotka tulisivat kuningasta vastaan kapinoitsijoitten
osaksi. Kun herttua paraikaa oli tästä kovin synkällä mielellä, tuotiin
hänelle äkkiä sanoma, että laivan purjeita näkyi merellä. Nehän varmaan
ovat odotettuja puolalaisia, arveli herttua, ja päätti purjehtia heitä
vastaan, lähteäkseen heidän seurassansa Danzigiin. Mutta kun tultiin
likemmäksi luultuja auttajia, niin laivojen mastoihin kohosikin Ruotsin
kuninkaallinen lippu, ja luodit alkoivat terveisiksi lentää vastaan.
Epätoivoissaan yritti nyt herttua raivata itselleen pakotietä. Mutta
vihollisella oli yhdeksäntoista laivaa; mitäpä Juhanan muutamat alukset
olisivat kestäneet niin suurta ylivoimaa vastaan. Ankaran kahakan
jälkeen herttuan täytyi palata linnaan takaisin.
Tästäpä asiat nyt yhä pahenivat. Eräänä päivänä suomalaiset ja
ruotsalaiset sotamiehet nostivat ilmikapinan. He veivät aseensa
asekamariin ja sanoivat, etteivät he enää ottaisi niitä käsiinsä
taistellakseen kuninkaan väkeä vastaan. Olihan herttuakin kuninkaan
alamainen ja siis velvollinen häntä tottelemaan. He vaativat sentähden
linnan portit aukaistaviksi. Jollei ennen kello 9:ää antautumissovintoa
kuninkaan miesten kanssa ollut tehty, uhkasivat he omin käsin hirttää
päällikkönsä ja viedä herttuan puolisoineen vangeiksi leiriin.
Herttualle ei suotu edes niin pitkää aikaa, että hän olisi ennättänyt
panna kirjettä kokoon; täytyi heti lähettää sihteeri, Martti
Hirschfelt, antautumistarjousta suullisesti viemään. Tätäpä ei enää
kuulunutkaan takaisin. Piirittäjät pidättivät hänet luonaan, eivätkä
lähettäneet linnaan mitään vastausta. Sillä välin väheni linnanväki
tunti tunnilta; sadoittain karkasi herttuan sotamiehiä vihollisen
puolelle. Viimein ei ollut enempää kuin 350 miestä jäljellä ja niistä
ainoastaan noin 50 täysin luotettavia. Silloin pyysivät kaikki
uskollisetkin palvelijat Juhanaa myöntymään, ja hänen puolisonsakin
teki samoin. Linnan portit avattiin siis piirittäjille _elokuun 12 p.
1563_.