Kaarle herttua lähti sotajoukkoineen Suomea valloittamaan ja
piiritti Turun linnaa. Siinä piti Klaus Flemingin leski, Ebba rouva,
puoliaan yhtä urhoollisesti kuin soturi konsanaan. Tykinluoti lensi
tornin ikkunasta sisään ja tappoi miehen Ebba rouvan vieressä. Sitä
rohkeammin hän kehoitti varusväkeä pontevaan vastarintaan. Herttuan
pienet tykit eivät voineet mitään linnan lujille muureille, mutta
itse hän menetti paljon väkeä.
Silloin oli linnassa eräs ylioppilas, nimeltä Daniel Hjort. Hän oli
herttuan puolella ja sai salaa viekoitelluksi linnan sotamiehet. Nämä
tähtäsivät tykit ilmaan, täyttivät ne hiekalla ja alkoivat karata
herttuan puolelle. Linnan täytyi antautua, ja kaikki siellä-olijat
joutuivat vangeiksi. Huhu oli liikkeellä, että Klaus Fleming vielä
eli. Kerrotaan, että herttua, saadakseen varmuuden siitä, oliko
Fleming todella kuollut, avautti hänen ruumisarkkunsa linnanholvissa
ja nykäisi kuollutta parrasta, sanoen: "Jos nyt olisit elänyt, niin
ei olisi pääsi ollut kovin lujassa." Siihen Ebba rouvan sanotaan
vastanneen: "Jos minun herra-vainajani olisi elänyt, niin ei teidän
armonne olisi koskaan tänne päässyt."
Sigismund kuningas oli pannut urhoollisen ja ilomielisen suomalaisen
ritarin, Arvid Stålarmin, Suomen ylipäälliköksi. Tämän onnistui
voittaa takaisin Turun linna, ja hän purjehti vuonna 1598 mukanaan
3,000 suomalaista Ruotsiin auttamaan kuningasta. Heitä vastaan marssi
ruotsalaisia talonpoikia, Upsalan professorien johtamina, ja tätä
retkeä nimitettiin _makkararetkeksi_ siitä syystä, että talonpojilla
oli makkaroita eväänä. Suomalaisten täytyi kääntyä takaisin.
Kotimatkalla hyökkäsi herttuan laivasto heidän kimppuunsa Ahvenanmaan
edustalla; muutamia otettiin vangeiksi ja upotettiin kivi kaulassa
mereen. Tämä oli pakanuuden ajoista lähtien ensimmäinen sotaretki,
minkä suomalaiset tekivät Ruotsiin; mutta se tehtiin oman ja Ruotsin
kuninkaan käskystä.
Sigismund kuningas, joka aina oli myöhäinen, tuli Ruotsiin vasta
suomalaisten sieltä palattua. Hän tahtoi nyt valloittaa Ruotsin
valtakunnan takaisin puolalaisella sotajoukolla, mutta Kaarle herttua
voitti hänet, ja siitä saakka oli Sigismundin valta Ruotsissa
lopussa. Puolassa hän ja hänen jälkeläisensä hallitsivat kauan aikaa
sen jälkeen.
Kaarle herttua piti kuninkaan ystäviä Ruotsin valtakunnan vihollisina
ja tuomitsi monta ylhäistä herraa kuolemaan. Stålarm ja Etelä-Suomi
olivat vielä kuninkaan puolella. Kesällä v. 1599 herttua purjehti
uudestaan Suomeen ja voitti suomalaisen sotapäällikön Aksel Kurjen
ja hänen ratsumiehensä lähellä Turkua. Viipurissa piti kuninkaan
väki puoliaan. Pormestari ja porvarit, jotka eivät tahtoneet
jättää kaupunkiaan väkivallan alaiseksi, avasivat merenpuoleisen
portin. Herttua tunkeutui sisään, valtasi kaupungin ja tuomitsi 11
suomalaista herraa kuolemaan.
Etelä-Suomi vapisi ankaran herttuan edessä. Arvid Stålarmin ja
kaikkien, jotka olivat hänen kanssaan Turun linnassa, täytyi antautua
vangeiksi. Silloin Stålarm pyysi, että häntä yksinään rangaistaisiin,
koska muut vain olivat hänen käskyjään totelleet. Tätä ei herttua
ja hänen asettamansa oikeusto ollenkaan tahtonut kuulla; monta
mestattiin Turussa, mutta Stålarm vietiin vankina Ruotsiin. Siellä
hänet kolme kertaa kuljetettiin mestauspaikalle ja joka kerta
armahdettiin, mutta hän päätti kuitenkin päivänsä vankeudessa.