* 釋迦譜十卷 6-534
* 慈悲道場懺法十卷 6-536
* 慈悲道場水懺三卷 6-763
* 天地冥陽水陸雜文二卷 5-356
* 天地冥陽水陸雜文續集三卷 26-602
* 三階佛法四卷 22-85
* 集沙門不應拜俗議六卷 6-790
* 法門名義集一卷 6-787
* 集古今佛道論衡四卷 6-627
* 續集古今佛道論衡一卷 7-73
* 續集古今佛道論衡圖一卷 19-772
* 修禪要訣一卷 6-784
* 西方要決釋疑通規一卷 7-13
* 釋迦如來成道記注一卷 7-671
* 釋迦如來應化錄六卷 7-671
* 釋迦牟尼如來像法滅盡之記 26-625
* 略明般若末後一頌讚述一卷 7-112
* 金剛錦一卷 6-655
* 金剛錦論私記二卷 6-670
* 菩提心義一卷 6-657
* 大乘二十二問本一卷 6-730
* 敦煌寫本新造佛堂功德記并序一卷 3-135
* 敦煌木雕觀音菩薩像跋題記一卷 3-180
* 敦煌後晉木雕殘板天王像跋題記一卷 3-149
* 五台山聖境讚一卷 26-462
* 進旨一卷 26-706
* 隆興佛教編年通論二十八卷 卷末一卷 35-641
* 雲臥紀譚二卷 26-497
* 釋氏要覽三卷 34-794
* 佛教西來玄化應運略錄一卷 26-557
* 大明太宗文皇帝御製序讚文 26-716
* 正訛集一卷 26-452
* 直道錄一卷 26-452
* 竹窗隨筆一卷竹窗續筆一卷竹窗三筆一卷 11-506
* 竹窗隨筆分類略編不分卷 26-635
* 南詢錄一卷 34-545
* 觀音問一卷 26-660
* 豫約一卷 26-668
* 釋門真孝錄五卷 26-456
* 筆懺不分卷 26-634
* 布水臺集三十二卷 26-639
* 刻藏緣起不分卷 26-429
* 兜率龜鏡集三卷 26-454
* 解惑編一卷 26-448
* 萬法歸心錄三卷 26-650
* 旃檀佛西來歷代傳祀記一卷 26-758
* 圖書集成神異典釋教部二卷 26-572
* 圖書集成神異典二氏部彙考二卷 26-571
* 大清重刻龍藏彙記不分卷 26-593
* 正信錄一卷 26-626
* 宗範二卷 26-761
* 釋教三字經一卷 26-589
* 佛教初學課本一卷 26-589
* 釋氏蒙求二卷 26-495
* 正學啟蒙三字頌注三篇 26-590
* 佛教史蹟一卷 26-592
* 佛教問答不分卷 26-594
* 地藏菩薩像靈驗記一卷 26-506
* 普庵祖師靈驗記一卷 26-558
* 文殊菩薩示現錄一卷 26-623
* 三寶感應要略錄三卷 26-451
* 滿洲殘本感應篇圖說 5-558
* 觀音慈林集三卷 26-502
* 觀世音菩薩本迹感應頌四卷 26-582
* 觀世音菩薩靈異記二卷 26-524
* 白衣神咒靈驗記不分卷 26-550
* 念佛靈應記一卷 26-568
* 冥報記三卷 26-423
* 報應記一卷 26-660
* 釋門自鏡錄二卷 7-670
* 念佛鏡二卷 6-766
* 心性罪福因緣集三卷 26-454
* 龍舒淨土文十卷 26-581
* 山庵雜錄二卷 26-490
* 往生集三卷 7-667
* 放生文圖說一卷 26-555
* 宗門惑問一卷 37-480
* 慨古錄一卷 26-744
* 潟山警策注一卷 26-753
* 潟山警策句釋記二卷 26-752
* 潟山警策指南一卷 26-753
* 見聞錄一卷 26-455
* 西方確指不分卷 26-608
* 夙孽記一卷 26-569
* 現果隨錄四卷 26-457
* 淫孽鏡一卷 26-559
* 欲海回狂三卷 26-578
* 周子戒殺書四卷 26-579
* 西歸直指四卷 26-578
* 净業知津一卷 26-720
* 閱藏隨筆二卷 26-760
* 念佛百問一卷 26-743
* 修西聞見錄七卷 26-471
* 物猶如此十四卷 7-129
* 即是廬自省錄二卷 26-646
* 紀文達公筆記摘要一卷 26-593
* 平等閣筆記不分卷 26-579
* 護生痛言一卷 26-561
* 普告大眾一卷 26-559
* 好生救劫編一卷 26-554
* 觸目驚心錄一卷 26-556
* 近代報應紀一卷 26-571
* 弘明集十四卷 22-87
* 廣弘明集四十卷 22-86
* 破邪論二卷 6-508
* 辯正論十卷 6-508
* 甄正論三卷 7-111
* 韓文公論佛古表糾謬一卷 26-611
* 笑道論一卷 6-552
* 御製逍遙詠十一卷 37-523
* 護法論一卷 26-424
* 折疑論二卷 8-263
* 辯偽錄五卷 26-432
* 佛法金湯篇十六卷 26-530
* 佛法金湯錄三卷 26-695
* 空谷集三卷 26-719
* 諸佛如來菩薩名稱歌曲 36-622
* 梵番滿蒙漢五體合璧賢劫千佛號一卷 6-178
* 闢妄救略說十卷 26-608
* 佛教宗派詳注不分卷 26-434
* 宗教源流考一卷 24-410
* 章嘉呼圖克圖源流清冊 24-399
* 西藏喇嘛溯源一卷 26-473
* 漢譯清字合音大藏瑜伽施食儀一卷 5-631
* 番僧源流考二卷 24-242
* 西藏喇嘛事例不分卷 24-412
* 中國佛教史四卷 26-487
* 支愍度學說考一卷 22-82
* 六朝佛教史料提要凡例 22-46
* 大宋僧史略三卷 26-461
* 隆興編年通論二十八卷 7-672
* 佛祖綱目四十二卷 26-449
* 西藏佛教略史一卷 26-591
* 西藏佛教略記一卷 26-590
* 蒙古玉匣記二卷 6-172
* 牟子叢殘一卷 22-71
* 竺道生與涅槃學一卷 22-83