十二日，传令：『照分派处所移营屯札。前锋镇、中冲镇札狮子山堵御凤仪门，以左提督为应援；中提督、后提督、左先锋离前锋镇之后面第二大桥头山上屯札，中提督居中，后提督居左，左先锋居右；右提督、宣毅后吴豪札汉西门教场，并拨水师应援凤仪门；本藩督亲军并五军屯札岳庙山，相机攻取』。
宁国府知府高一阶献城归顺，委张兵部安抚之，吊（调）一阶军前□□□□。
十三日，兵部袁起震报：『和州合（含）山县、来安县虏守将□□□□闻风逃遁，震委生员孙护、孙慥、孙卫番、徐开祥等前去各处安集，乞发□□□□□□张，发江北附近地方以示藩主招徕安抚至意』。许之。
十四日，委浦口总兵徐长春同兵部袁起震前往滁州安抚，并招徕属县，令各□□带，被民瞻仰，以正大明威仪。自是□者闻风向附。
十五日，张五军报：『和州归附时，和州兵马闻大师进围都城，惊奔私逃者多有。小将谢明与张五军有交，至是来见，请兵镇守，启闻』。藩委总兵张□前往安抚。时和州不攻自附者，缘一起流棍，假冒大师头目印信、兵马旗号，乡村焚掠，谕令献城投降，如致攻破，一尽屠之，故守将闻风先逃，和州以归。
十六日，虏繇（由）凤仪门冲犯前锋镇营，焚毁民居，断拆塘兵文书往来。被前锋镇杀败之。
是日，张兵部送到钞关抽分户部主亭陈猷言等至藩前归附，另解饷银三千两，并伪印牌劄缴换。藩令礼都事黄昱厚款之，并赐官服、职衔、印信，仍将饷银三千两与之，令其搬眷到军前。
十七日，各提督统领进见。甘辉前曰：『大师久屯城下，师老无功，恐援虏日至，多费一番功夫。请速攻拔，别图进取』。藩谕之曰：『自古攻城掠邑，杀伤必多，所以未即攻者，欲待援虏齐集，必扑一战，邀而杀之。管效忠必知我手段，不降亦走矣。况属邑节次归附，孤城绝援，不降何待？且铳炮未便，又松江马提督合约未至，以故援攻诸将暂磨励以侍，各备攻椇，候一二日令到即行』。诸将回营。
藩时以诸将急请攻城，必有缘故。非兵有故，必粮不足。密唤兵都事李胤、户都事杨英谕曰：『尔兵都事往各营访军中动作何如？尔户都事往问粮食何如？并□□□□各各在伍整束，如对敌一样否？已差郑德去后，不如尔等之□□□□□□□□□』。时各分路访问去讫，至酉刻回报，各甚释称旨，惟杨〔英曰〕：『□□□□□□□□□□时，问前锋镇以对垒之际，缘何听□兵撒网取鱼？城□咫尺，□□□□□□□□？余新应云：「军机变通，总在将妙其用。张飞以■〈束〉而获严颜，□□□□而□□□，□□□言启覆藩主可也」』。藩曰：『取鱼者系伙兵则可，或战兵则事去矣』。立即差张五军传谕告之曰：『余新言过其实，吾每虑其偾事。今如此欺敌，尔须密戒之，勿致画虎不成反类犬。须时身家攸关，军法无赦』。并发谕责之。
十八日，行令：『左提督翁天佑即将该辖之兵，今夜月亮，即移与前锋镇同□帮守。至于□札并分兵堵御之法，即与前锋镇议妥而行』。并行余前锋协和帮守，毋致■〈束〉虞。时余前锋欲建全功，随立军令启请曰：『凤仪门只有一大街，路左边城下系大河深沟，无地可容兵马来侵，右边是长流大江，流上则有左冲水师截守，惟两傍街厝已拆，玲珑可伏兵马。其路头塞断设三重大炮，堵住营内，严密如铁桶，虽飞马难过，狡虏何能敢来冲犯？况前日已被杀败，略知手段，必不敢再来，故示弱以诱之。兹若敢犯，新与中冲镇愿当其阵，不用拨兵帮守。如有■〈束〉虞，愿依军令。新亦无颜面见藩主，以立于三军之上』。时藩见其担认之当，又张五军回称果堪独当一面，而左提督之兵随中止吊（调）回原札。
是日，张兵部又报池州府归顺，遣挂印王戎安抚之。
上元县、溧阳县亦报归顺，遣原兵官张光启往安抚。
是日，遣监督高绵祖、礼都事蔡政前往苏州、松江，往见伪抚院马提督，约日起兵打都城，并令常镇道冯监军拨大官座二只，多设仪仗供帐，戴（载）高、蔡二使前往苏、松会师。
十九日，张兵部报安庆府、徽州府虏守将吊（调）入南京防守，府县官逃遁，城中无主，父老请示安抚。藩委挂印刘世贤安抚之。时江西九江等处，闻大师会攻都城，起义向应。有明光禄寺署丞金轩、生员吴襄、方正、冯懋鼎星夜驰赴军前，请给牌札印信，起义杀虏。见我军兵容仪，叹曰：『人传天兵不虚，虏不足敌矣』。藩嘉其远来忠诚，厚赐赏赉，加金轩监纪同知，吴襄等监纪通判，并发安抚招降令谕十数张与之。
传令各办铳器攻城。令蔡翼吊（调）各军中目梢抬运正副灵熕登岸攻城。
委监纪郑潜曾往江北，接递伪朝上下来往文书传报。
委监督宋维宁马上接递军前。时本处传递铺兵，凡虏有紧急上下公文，俱来递军前，藩原赏银五十两。自后各处闻风，俱越水来递，被官兵拦阻，故委二员专理。报内有『燕都不通文报，近一月矣，南都未知明清』之句。又有家书附搭云：『南都音信久绝，传闻铁兵难敌，有迁都远避之议，大事可知。可令子与弟先投国姓，以为我后来进见地』云云。时王子、王孙、公侯附马伯驰书禀，乞给牌札起义者比比。
二十日，张五军传递杭州徐阁下渭子徐楷报称：『杭虏俱吊（调）入南京，城中空虚，乞付劄以便据城迎降』。又云：『杭虏与家人永决赴京，云战甚利害，有机会必投顺』之句。藩令给札与之。
传令各提督统领，限二十二日安炮攻城。以右提督汉西门兵力稍薄，令正兵镇韩英带所辖官兵往汉西门与右提督协力攻城。另吊（调）左冲镇督兵同右提督、宣毅后镇、正兵镇协守攻取。其水师暂委辖下的员料理。
二十一日，城内塘报报：『各处虏马吊（调）集齐备，欲来冲杀一阵，以决胜负』云云。藩料虏必先犯前锋、右提督二处。随遣左提督带辖下官兵移札王家摆渡洲项，近大庙水干，与前锋镇右提督等接连，如遇有警，互相应援。限二十晚移札定着具报。再遣礼都事蔡政往松江见马进宝，并安插陈忠靖、宣毅前镇陈泽等护眷船，授以机宜。先时，祖等见进宝，以家眷在燕都未决回报，至是再遣谕之曰：『见马提督，先以婉言开陈，须不刚不柔，务极得体。要之以先事为妙。若至攻破南都日方会，□为晚也』。
二十二午，虏就凤仪门抬炮与前锋镇对击，我炮□并堵塞路口，俱被击碎，官兵无站□，□齐拥大队冲来，或繇（由）厝项爬下，救应不及，前锋镇余新左营董廷并各大小将领官兵全军战没。中冲镇副将萧拱柱亦战阵亡，萧拱辰浮水而逃。时藩见前锋营中炮向，必是虏警，催左提督迅援不及。虏破前锋镇营，随蜂拥出城住札。
是晚，传令抽札观音山待敌，各派地分札。令左先锋镇杨祖统援剿右镇姚国泰、后劲镇杨正、前冲镇蓝衍屯札大山上作犄角应援。中提督五军伏在山内，左武卫、左虎卫列在山下迎敌。本藩督右虎卫、右冲镇万禄在观音门往来应援。后提督、宣毅左等堵御大桥头大路。令右提督、宣毅后、正兵镇繇（由）水抄蹑其后。令左冲镇专理水师，防其繇（由）水抄犯。分遣已定，是晚虏乘胜促近吾营对垒。
二十三早辰刻，虏大队兵数万抄出山后，直冲出左先锋镇之营。时因本藩传令中军营，无令不许轻战，而山下山上又隔远不见，只听虏拥挤蝟集，对山用炮攻击。虏攻具齐备，一齐下马打死仗，炮矢交击，无可容足，冲突死战。我兵冒死迎敌，退却三处。本藩已遣右冲、右虎往援，山高爬不及到，左先锋等众寡不敌，遂被杀败。前冲镇蓝衍战没阵。虏乘胜从山促下，中提督、五军等在山内被围，死战不出，亦在阵亡。左武卫、左虎卫在山下整搠死敌，但大势已溃，独力难支，亦在战没。后提督堵御大桥头，与虏对击，被首尾合攻战没。宣毅左镇万义，浮水而走。藩见大势已溃，遂抽下船。虏水师蚁集，齐拥下来。左冲镇一面堵御，一面防护眷船而出。其我兵有被伤浮水而逃者，左卫镇令载上眷船配载而出，计活数千人。我船竟护无失，仍击沉虏船二只，虏是以不敢轻犯。时辖下陈谅张禄□进，刘明之功居多。
是晚，本藩随传令出师镇江，仍委左冲镇黄安、宣毅后镇吴豪等殿后，再等我兵有逃回者，着令载来。
二十四日，藩师至镇江，官兵有繇（由）路逃回〔者〕，有繇（由）水浮回者，有被左冲载回者，惟查不见大将甘辉、万礼、林胜、陈魁、张英、蓝衍、副将魏标、朴世用、洪复并户官潘庚钟、仪卫吴赐等回。藩叹曰：『是我欺敌之过，轻信余新所致也。然胜败常事，亦何虑□□』。吊（调）常镇道冯御史、右武卫周全斌、后冲镇黄昭并瓜州地方柯平、援剿后镇刘猷等俱各在船听令，别作良图。
二十五日，议正杨祖、杨正、姚国泰等失机之罪，令枭首示众，后诸将劝免，杨祖、杨正暂管事，姚国泰发刑官监候。
二十六日，令右武卫收拾左武卫官兵；令前协裴德、副领兵林瑞、刘国轩等管束右虎卫，收拾左虎卫官兵；令前协郑仁、后协陈蟒等管束□□，□□□□□□；令右提督收拾五军骁骑镇官兵；令中军虞允升协理，黑云祥等管束□□□□；令中冲镇收拾前锋镇官兵；令右冲镇、宣毅左镇收拾后提督官兵；令右镇颜□□□后劲镇，收拾中提督官兵；令右镇李昂、亲随营林正管束□□□，□□□□□□；令宣毅后镇收拾前冲镇官兵。
朱逷先先生曰：『南京之战，所占篇幅甚长，然其载甘辉之谋，仅得其片段，而又不甚明了。夏琳记甘辉之言则较完备。闽海纪要卷上曰：「瓜镇既破，甘辉进谓成功曰：瓜镇、南北咽喉，但坐镇此。断瓜州，则山东之师不得下；据北固，则两浙之路不得通，南都不劳而定矣。成功不听。将进兵，甘辉又请陆路而行，以为乘破竹之势，一鼓可下，或攻取其附近州县，以绝援兵，则南京势孤，自必难守。若由水路，恐风信稽迟，援兵四集，又费工力」。南京之战，以甘辉为最重要人物，而谋画及其死节，皆不为之详载，故闇然而无光彩也』。
二十八日，派程班师驾出长江：一程本藩文武各官亲军四镇，二程左冲镇、宣毅后镇、后劲镇、左提督、中冲镇、中提督、□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□左先锋、援剿右、后提督、宣毅左、右冲镇、□□□□□□□□□□□□□□□冲镇、援剿后等断后，并专押运粮船，右提督、正兵镇先行堵口。
八月初一日，师回至狼山，上沙时，粮运船多重载，不堪驾驶，委户都事杨英分派各中军船并各提督统镇船只运载，预作兵粮。各船俱满载，粮船放回，赐手梢各路粮千余石。
初四日，师泊吴淞港。遣礼都事蔡政往见马进宝。进京议和事机宜，俱授蔡政知之。亦无书往来。
初八日，舟师至崇明港，集诸将议曰：『师虽少挫，全军犹在。我欲攻克崇明县以作老营，然后行思明吊（调）换前提督等一枝，再图进取。一则逼其和局速成，二则采访甘提督等诸将生死信息，三则使虏知我师虽败，尚全力攻城，不敢南下袭我。诸将以为何如』？众签曰：『可』。于是随派防水师并攻城官兵。以左冲镇黄安督配援剿右镇、前锋镇、右虎卫、左武卫、协将裴德、五军、左虎卫等共战舰十六只，提调罗蕴章防御七了港口，泊白米沙外洝。以援剿后镇刘猷、宣义左镇万义、中冲镇萧拱辰、右冲镇万禄等共战舰十二只防御吴淞港口，泊新兴沙外洝。以右先锋杨祖、后劲杨正督配中提督、前冲镇等防御狼山上流，泊王家港。各分遣防守去讫。
初十日，传令登岸札营，攻崇明县城，派定处所：
一、右武卫堵攻西门，并护大炮；
一、宣毅后镇堵攻北门桥；
一、正兵镇堵攻东北角；
一、后冲镇堵攻西南角；
一、右提督为各路应援；
一、左提督札土堡为老营，接应北门；
一、伙兵限初十夜俱到城下，照所分汛地在河沟干呐喊，分其铳路便安籧篨。
十一日早辰时开炮，至午时，西北角城崩下数尺，河沟填满。藩亲督催促登城。守将梁华凤死敌不退。时正兵镇韩英勇壮登城梯，被铳伤中左腿，跌下。矢石交加，有如雨下。监督王起俸亦被铳伤而退。藩见城坚难攻，传令班回。越数日，韩英死之，王起俸亦被伤而亡。时本藩又欲吊（调）集诸将前来攻打。右武卫周全斌言曰：『此城深沟高垒，梁华凤请加守援，已难骤拔。况官兵被创之余，昨日韩英被伤，闻者寒心，无意恋战。且得此孤城绝岛，亦是无益，不如渐回旧汛休养，号召精锐，候明年再进长江，以图大举，未为晚也。伏请睿裁』。藩从之。随传令班师。
是日晚，适马提督差中军官同都事蔡政至营，言：『马提督因闻大师攻围崇明，特遣中军前来说和，称：「既欲奏请讲和，仍又加兵袭破城邑，教我将何题奏？贵差将何面君？不如舍去崇明，暂回海岛候旨，成否之间，再作良图，亦未为晚」』。藩谕之曰：『尔酋等大张示谕，谓我水陆全军覆没，国姓亦没阵中，清朝无角逐英雄之患，吾故打开崇明，安顿兵眷，再进长驱。尔主其亦知之否？我今搀施数铳，其城已倒及半，明日安炮再攻，立如平地。既尔主来说，姑且缓攻，留与尔主好题请说话也』。令人同看营中兵器船只整备，叹曰：『京都覆没，岂有是耶』？藩随令搬营在船。
十二日，遣蔡政同马提督中军再回吴淞，往京议和。
十八日，藩督师回至林门。传令左武卫、左虎卫、中后提督等各协营将所收拾将领官兵并配执军器造报查点操练。查报阵亡将领官兵家眷安顿给赡。左武卫前协裴德收管中协并后协官兵；副领兵林瑞收管领旗协、骁翊营、火攻营、正领兵下官兵；左协萧泗收管右协并候缺官兵；随征营刘国轩自收并同张魁收左右协理官兵；一营洪善收二、三营直库。
赦左先锋杨祖、后劲杨正、准革职戴罪暂管镇事。援剿右镇现在拟罪，其官兵船只拨归后冲镇黄昭管辖。正兵镇韩英已故，全镇官兵未有管束，传令集诸将会推一员以代。时会推裴德、洪羽、萧泗、刘国轩、郑仁、杨富、张志等以进，惟右武卫独保张志堪任，杨祖惟荐杨富。藩谕曰：『二员俱各堪任，但思功次，则杨富系洪益进亲随，从桃花山以来，历有战绩尤多；张志从施郎时到，功次尤（犹）较不如；当以杨富惟（为）是』。于是诸将跪谢曰：『藩主照功次陞授，诸将益当励效矣』。
二十七日，行委杨富管理正兵镇事。派各地方发各镇官兵休养训练：援剿后镇刘猷、后提督右镇颜望忠札右提督原札温州石塘一带地方；宣毅后镇吴豪、中冲镇萧拱辰、宣毅左镇万义札原左武卫清江一带地方；亲军右武卫并左武卫裴德等札原前锋镇金乡、瑞安一带地方；左先锋、右冲锋札蓁屿一带地方；后劲镇、后冲镇中提督右镇李昂札三都地方；左提督正兵镇札兴化南日一带地方；忠靖伯陈辉督水师前镇阮美并都督罗蕴章、李顺等为水师，泊住舟山，防御各港，抗掣上流；右提督马信同左冲镇黄安为陆师，镇守舟山应援。
以挂印都督李必管舟山地方事。
九月初三日，藩令各镇驾归汛地。藩驾至沙关澳，分派饷地，安插官兵，俱已得宜。
初七日，藩驾回至思明州，广行招募旧时散逸将领官兵。
十月，藩驾驻思明州。援剿后镇刘猷侵入隘顽所内地征饷，为虏所诱，与战不胜，颜右镇救援，不久，猷死之。
右武卫周全斌屯札沙园所，就地征输兵饷，温虏来阻饷道，斌乘醉率兵与战，不胜，左协方英死之。
十一月，藩驾驻思明州，修整船只，备造军器。
十二月，藩驾驻思明州。蔡政自京回，京报和议不成，逮系马进宝入京。伪朝委满酋长达素带满汉万余骑前来剿海，另吊（调）浙直、广东数省水师合剿。藩令差监督李长吊（调）各汛守官兵回思明州。议遣前提督黄廷、户官郑泰督率援剿前镇、仁武镇往平台湾，安顿将领官兵家眷。
十四年庚子（一六六○）正月，藩驾驻思明州演武亭。
初八日，行兵官造报南京阵亡将领家眷，厚赐优恤。并查阵亡提督统镇有男女者，与之姻亲。时只中提督甘辉、左武卫林胜有子女合婚，遂令礼官择吉行聘。
十一日，传令督练官兵。催前提督等督各文武官随侍帐房住宿，待令军机。
十七日，陞礼武镇林顺为援剿右镇；陞前提督右镇刘俊署前冲镇；陞礼武镇林福管理礼武镇事，以其有居守之功。
二十一日，遣苏迪章押送漳平伯周金汤、太监刘国柱到龙门港登程，往行在复命。
虏酋达素头站兵马至福省。
二十四日，北汛右武卫同左冲镇等师吊（调）至思明。
二十六日，吊（调）仁武镇康邦彦出征，以左冲镇黄安交代防守新城，谕之曰：『重地锁钥，非尔不可。尔勉之』！拨正兵镇杨富代前提督右镇叶伯防守思明、东渡。
右武卫周全斌启：
『为切陈末议、仰祈睿监事。窃谓治外必先治内。叠据各报，虏添设兵马，修造船只，乘我失利之时，故敢浪逞。但彼悉皆地方之众，未习船务，区区水战，与我惯习之师相角逐，实天资我战胜之会，恢复亦未可知也。而今日我所要著者，惟在强兵裕赋，固足兵心。察各镇营官兵，奉令屯札舟山各处，皆离乡有日，在外风霜，各有归思。兼以措饷维艰，日复一日，暂为弊端。尚有缺少军器衣甲者，有警未免空拳赴敌，不如调回思明训练，择地取饷以裕兵食，以鼓兵心。以战则胜，以守则固，虏虽百万来犯，亦可立破也』。
藩批：『晓得。已先吊（调）回了』。
二十八日，委左冲镇右营陈广、拔授正领兵中军，以左武卫副领兵林瑞管左营事。
二月，藩驾驻思明州。
初二日，陞中提督右镇李昂为义武镇，左虎卫前协郑仁为正领兵，右武卫中协张志为援剿后镇。
初四日，陞左提督左镇胡酉为游兵镇，改名胡靖。
十八日，陞右提督左镇陈瑞为英兵镇，谢任为左营；陞正领兵陈璋为□兵镇，林却为左营，改名明祚。
二十六日，陞后提督右镇颜望忠为智武镇，何佑为左营；以原护卫左县革职降尾名兵杜辉为水师。改左提督翁天佑照旧总理监营事，官兵船器，交与左镇胡靖，任游兵镇事。赦姚国泰罪，拨为右提督协理，黑云祥为左协理。
遣前提督黄廷、右提督马信率后劲、右冲等镇下揭取粮。
三月，藩驾驻思明州。报伪酋长达素到泉，催促船只舵梢齐备，刻日犯攻思明。藩令宣毅前镇陈泽同奇兵镇黄应、援剿左镇黄昌等各水师，抛泊岞后獭、窟澳等处，堵防泉港。吊（调）回南下取粮官兵，分派屯札防守。
时官兵多思逃躲，将领每有骄悍。故左冲镇黄安有启：
『为定制束兵以一体统事。窃照同仇敌忾，贵在和众，而兵士参差，尤宜严束。近察一二兵士沿习刁风，只知本管将领，而藐视别镇；遇有交加，辄敢侮慢。优容之，自可视为细故，苛责之，遂不免于生嫌。安深戒此弊，屡谕辖下将领，切责班官，不准在外生端。尤虑故习难以骤消，必使尊卑相承，管辖无分于彼此，有犯立惩，骄悍庶儆于将来。庶体统一而兵自和，泽袍亲而战自克矣。伏请通行申饬施行』。
藩从之。
宁国府知府高一阶报家后被逮启：
『为天恩曲赐矜怜以全孝治事。臣系南都首先效顺之员，矢竭犬马，以佐中兴，是以破家捐躯，随驾东下，依悬圣明，有死无二，臣之愿也。讵家后八十老母，被虏寻拿严酷。闻报肝肠寸断，日夜涕零，不禁泣尽而继之以血也。向在镇江，蒙藩主面谕，怜臣家有老母，至性关心，催促搬请；不则送臣还里，以完天亲。时臣未忍奉诏者，以国尔忘家，虏未必至是吹求也。今老母逮去，方寸乱矣，以风烛之年，万一不测，终天遗恨，则万死不足以赎罪也。求忠臣于孝子，岂用不孝之臣，以玷圣明哉？姑沥血哀陈，赐臣还里，舍身救母。倘徼天庇得全，刻期再趋报效。不然，虽在异乡，亦无异依依阙下，衔结以报也』。
藩许之。令礼都事宴送，并赠二百金盘费。谕之曰：『汉中之不留徐庶，亦以母故。尔欲回，用银救得尔母，可即遣人来取，虽千金亦不靳也』。感泣辞回。
行兵官忠振伯议南京功罪。
四月，藩驾驻思明演武亭。报虏出征兵马备到，船只器械舵梢齐集，约期来犯思明。
初三日，改右提督马信为提督亲军骁骑镇。随启：『辖将黄屿，行阵久着智勇，临敌多奏功绩，应授骁翊营缺，俾试锥利，以策奇勳』。许之。随以黄屿为提督亲军骁骑镇骁翊管理南兵营缺。
传令各提督统镇下将领官兵家眷搬住金门，仍委英兵镇陈瑞督辖兵往金门保护家眷，并令余宫镇郑户官帮同照管家眷。
初四日，遣中冲镇萧拱辰率辖兵同援剿左镇、奇兵镇、宣毅前镇、宣毅后镇、合■〈舟宗〉抛泊□武，堵御泉港，并上流虏船。委辅明侯为总督水师，共商堵御机宜。
初九日，藩大谕诸将领官兵：
『照得狡虏有必败之机，在我益当决必胜之算。去岁，我师数千里直抵长江，登岸杀虏，瓜镇之满汉精锐，歼灭殆尽。何况虏欲舍□马长技，以与我争横于舟楫波涛之间？以寥寥船只，驱叛兵残卒而尝试之，主客之形既不相如，水陆之势又甚悬绝，其胜败固已了若指掌矣。此天夺虏监而假手于我将士，我将士鼓勇用命，何难灭此朝食？且虏数十年来，战守伎俩，已不遗余力。今之狡焉一逞，是所谓不到黄河心不休也。此番大破虏锋，则虏计无复施，束手以听命。自兹而中兴之大事已定，我将士之勳名富贵在一举。我将士数十年风波锋镝，从征之苦心，从此而发舒。是役也，精神意气，尤当百倍。今本藩与诸将士约：除退缩军令另行申饬外，特悬一赏格开列于左，不论大小将领官兵勋次，一一如格施行。本藩信赏必罚，众所共知，勉之哉』！
退缩军令并赏格俱在兵科。
防守舟山地方水师前镇阮美报：『定关狡虏，果以大师班回，遂图窥犯，不出藩主所料。据探报称：「顺治伪旨：令明虏统水陆马兵，会合吴淞、宁、绍、温、台战船五百余号，直抵思明合师，着三省攒运粮米。已于四月初下船，期四月十八日到舟山取齐。明虏初十在武林带披挂二千余，杭省满汉俱吊（调）出征，只夏梅□□杭州，田雄出□舟山，不准逗遛内地。佟伪抚为海上事拿问，到苏州自尽。赵伪院亦削职。虏船□二十日开驾，五月初内的合犯思明」』。藩传谕前镇等知云：『伪虏徒虚张声势，断无来犯之理。即来，徒送死，正喜其来耳。军机胜败，呼吸咫尺，不能相援，岂有千里远□风泛水洋料天能如期赴约会合耶？倘果开驾直来，该镇即同张兵部、袁兵部各舡戗开外洋，尾随其后，隔洝泊宿，以逸待劳，不必与战，彼必却顾。候到海坛、南日、崇武近地，我有水师堵御上流。如遇打仗，尔等即从上抄□，彼港路生疏。主客不敌，一鼓可破也。尔等敬当如令，有功之日，照格陞赏』。
派援剿右镇林顺、礼武镇林福防守海门。派右武卫周全斌提督亲骁、骁骑镇防泊■〈艹〈束刂〉〉屿尾。水师忠靖伯陈辉保原水师右军闽安侯革职带罪周瑞为水师同职，愿领头叠冲锋杀虏，许之。派游兵镇胡靖、殿兵镇陈璋为陆师守高崎等处，援剿后镇张志为水师抛泊高崎应援。礼武镇林福防守倒流寨。拨营理大炮刘安世帮守，击放大炮。
二十四日，行令各水师将领，此番杀虏，我师船只众多，遇敌之时，争先拥挤前进，与陆战队伍不明，同一弊也。且虏无大船，我只用中号船破之。今面议预先派定分明，以便堵剿。每镇挑选二号中船及水艍作头叠，桅尾挂红旗为号。一号大船作二叠老营，桅尾挂□旗为号。遇敌，头叠船前冲，二叠船相机赴应。头叠二叠船，务要挑□将领官兵配驾站■〈舟皮〉。每船又另选配船精兵，大船约四十名，中船约二十名，水艍十五名，坐在舱内，候本船冲犁，虏船可以过船时，即齐拥过。来冲□时，不准轻动偾事。得胜夺船，照格陞赏。过船官兵，另先领元宝一锭，作养锐气。至于辖下挑选外，如有十分京（经）战大船，跟后驾驶，以作声势，不许先时乱进，自相紊乱此役□机宜。立将头叠、二叠及精兵具报，请给旗号并领银两。
行户官郑泰，即将前派并该□防守围头船只，一尽吊（调）回，防守金门，□□□□□□防广虏，并许隆（龙）贼船，并护家眷。其围头地方交与宣毅后镇防守。
二十六日，泉港虏船二百余号驾到洋芝澳。我师辅明侯等堵御迎敌。虏先札□□上放炮击，我舟不得近彼船。虏船逐只依山边而进，欲合同港并漳港齐犯，我师住泊围头。
二十七日，虏船又依山进至围头。藩令林辅明侯、中冲镇、宣毅前镇、宣毅右镇黄元督水师泊刘五店，遏止围头虏船，不得进入同港相□。
报同港虏船百余号，俱二十□日在船，出港会■〈舟宗〉。报漳港虏船三百余号，限五月初一日祭江，出师会■〈舟宗〉。头叠系真满虏披挂，船■〈舟皮〉俱漆红。二叠系满汉，船■〈舟皮〉俱漆乌。其黄梧、施郎之兵，配八浆荒字号船，达素自督□□札星屿。另一枝满兵札浔尾，备小船渡过东渡并岞头等处。一枝满兵札刘五店，备小船渡过五通、湖连等处。一枝满汉水师，繇（由）新城出犯赤山坪。藩令右虎卫、□□□防守五通、高崎东一带，援剿前镇防守高崎寨，殿兵镇、前冲镇、智武镇防守蟹仔寨并赤山坪，游兵镇防守东渡寨，各选副锋伙兵守寨，其冲锋临敌，驰赴各路应援。仍委戎政王秀奇督守高崎、协理戎政杨朝栋督守东渡，商酌调遣。令仁武营康邦彦驻札崎尾兼管神前一带。另拨宣毅后镇吴豪、后冲镇黄昭、援剿后镇张志、左冲镇领兵陈□□□□□水师船只应援堵防邀击高崎、五通等处。
三十日，右武卫进言：『大敌在即，赏罚尤当严明，则将领知所策励。前年南京之失，总系天数，非战之罪，在藩主固不深究。然前此当敌之将领，未免疑虑。今此将领□官兵恐多观望。三月间，行兵官同都事拟呈功罪，未蒙批夺，拟定似一，所以策后效而儆将来，以开使过之门也』。藩曰：『是』。随拟批云：
『南京观音门之役，左先锋、后劲镇、援剿右镇、前锋镇等一股札在大山。虏先冲大山，左先锋□抵敌不支，官兵溃散，此一股当以失阵论罪，姑从宽典。援剿右镇革职，不管镇事。又左先锋镇杨祖、后劲镇杨正，准革职管镇事，戴罪图赎，辖下将领着革职图勋，一体施行。前冲镇蓝衍阵亡，免议，辖下将领着革职管事，立勳赎罪。时惟本藩亲督右虎卫、右冲镇在观音门杀败步虏数千，将领官兵奋勇可嘉，应行奖赏。其余中提督、五军等札在山内，左先锋大山上溃散，下自难当。武卫左镇、虎卫左镇等札在山下，上面大势既溃，虽鼓勇力战，死杀相当，竟亦不支。后提督、宣毅左镇等札大桥头，相离较远，至大队溃败之余，力已无及，但该提督统领总镇力战阵亡，辖下将领应当连罪。□□□□□□□右镇李昴、五军下领兵戴灿等，左武卫下协将萧泗、□德等，虎卫左镇下协将郑仁、陈蟒等，宣毅左镇万义等，俱各分别降级。着兵官行文遵照。其阵亡提督、五军统领、总镇为国□心，择吉进祀忠臣庙祭奠配享』。
五月，藩驾驻思明州演武亭。
初一日，拨前提督□□督右武卫、援剿左右镇、正兵镇、水师忠靖伯等泊□□□□，本藩亲督堵御漳港大队水师。
初八日，报各港虏兵俱配在船，约期初十日进兵，藩驾驻舟中督师海门。
初十早辰时，漳港虏船大小四百余号乘潮直犯圭屿。藩见虏舟至，我潮势□□泛未顺，遣陈尧策传令，不准起椗，泊定一条鞭与之打仗，候潮平风顺，有令方准驾驶冲杀。时忠靖伯陈辉同闽安侯周瑞坐驾领作头叠首冲，同援剿右镇下杨元标铳船泊在上流，虏船数十只乘顺风顺流前来冲犯，二□□无令不敢起椗相援，虏拥攻二船，众寡不敌，杨元标铳船俱死之，〔□〕杀相当，后被□□坐忠靖伯一船官兵与之死敌，矢石如雨，闽安侯□□而死。陈尧策传令至船中，亦战死。惟忠靖伯陈辉入官厅内，满虏蚁拥上船，辉令列火药从下发上，与之俱焚。时虏以为必得之将，各来争功，计有二百余真满，一时药发而上，■〈舟感〉面飞裂，虏在船面上者俱死散无存，余□惊窜。后遇战亦不敢过船，谓我师俱如是阱战，二船交战，余船只是对击炮矢。自辰至已，时潮平风顺，传令起椗冲犁。虏排拥冲下，我师稍退□□□。本藩亲驾小哨，躬督官兵，直冲过船。时右武卫坐驾同正副熕船破■〈舟宗〉而入。左冲□□□□□□擒夺虏先锋昂拜、章红眼等一船，满虏俱死船中。另生擒真满哈唎土心并虏虾十余员。续后虏■〈舟宗〉冲散。我师乘风冲发。前提督左镇翁求多、忠靖伯下玉锡、正兵骁翊颜奇等与右武卫驰骋冲击，争并张（章）红眼一船。右武卫下骁翊严保、领旗张盛擒获虏先锋乌沙一船。萧泗夺回杨元标铳船。前提督坐驾擒焚梅勒耿胜虏船一只。时满虏领先锋船只尚被我擒焚，并生擒真满呢马勒、石山虎，黄梧、施郎等□□□不敢前进，只在观望。至午后，南风盛发，宣毅右镇、左先锋镇并户官水师从浯屿驶进助胜冲犁，虏始退却逃走。时虏先锋三船，不知港路，阁浅圭屿，我师赶至，满虏三百余俱登屿山死战。藩令生致之。遣马提督招谕，不杀来降。至次日，藩查无降意，尽押沉之水中。后只得满将尼马勒、土心、石山虎等，俱善弓马随征。
一股繇（由）同安南北港来犯，□□圭屿，炮响拥挤。驾至尼牟屿，从赤山坪登岸，彼地水浅泥深，满首督汉兵先登岸，□□真满俱登。时前冲翼□□麟等当头叠迎战，退却，虏即拥挤而上。殿兵镇陈璋率□死战，矢如雨下，胜负未分。王戎政随督右虎〔卫〕进兵助战。右协陈蟒从右边，□□□旗协刘雄从水墘抄出，同至赤山坪往来拒战。时右虎卫镇陈鹏与虏有通，禁不出兵，前协万宏领兵，林雄力请往援，鹏不能禁，即奔驰继至。前冲镇刘俊见此处大敌，亦从东奔冲而到，协力拒杀。时水将涨，虑下水者□□所堵杀，不得一齐登岸，而我水师宣毅后镇船又追至，虏即驾船对敌。其先登岸之虏大半在水泥中，被我师所杀及淹死者不计。继而后冲镇水师从高崎赶至，左冲镇领兵陈广并吴裕等从新城港冲出，辅明侯中冲镇、宣毅前镇、□□□□□下俱各□□数只。自辰至己，虏始退走入港尚浔尾虏营。至十三日，被中冲、宣毅前镇等追擒，后■〈舟宗〉方始退回。此一役也，三股水陆，集满汉精锐，费许多军器船只，俱被我师杀死不计，生擒老本酋长，斩手割耳□放回不计。达素只率陆师回福省，会议再犯。
十一日，各提督、统领、总镇将领将擒获虏船、生擒虏兵、军器等项，解报论功。□兵都事蔡政验被伤将领官兵，厚赐医治。
令兵官议杀虏功次进呈。议云：
『高崎之捷，赴水接战，使虏不得拥齐登岸者，论首勳、殿兵陈璋也，继而陈蟒、刘雄协力杀退，又继而万宏、林雄并刘俊等奋到追杀，虏尽死水中，应先后次勳。水师则宣毅后镇当虏登岸之时冲下，断作两截，登岸者覆没，在船者惊避，应为首勳；继而后冲镇至，又继而中冲、宣毅前镇等至，协力追走，并犁沉虏船，亦其次勳也。至于陈广□□船同吴裕船冲击□□□□应行另议。其海门一战，俱系真满死杀之□，□□先锋头叠遇冲，我师即连环钉住，誓打死仗，藩主登陴亲督，诸将协力争雄，一时擒夺焚毁，众力俱均，难以指明。其有居最，藩主洞监了然，难以悬议。备拟呈进』。藩批云：
『水师用兵，必论其事势。此番虏船过海，繇（由）水登岸，我师所致力者全赖水师。既水师不能制胜，而陆师用命击杀，则陆师之勳懋矣！设水师何用哉？
所议殿兵镇陈璋首勳，陈蟒、刘雄次勳，万宏、林雄又次之，前冲一翼官兵见虏稍却，而该镇亲督所部从东继冲，论勳又其次之；准如议行。翼将黄麟另行申饬究罪。
其水师宣毅后镇、援剿后镇专泊高崎，时援剿后镇□□□退各船□无前进，已行申饬并枭示刘祝外，宣毅后镇时在潮头，政赖冲击，使虏不尽登岸，惜乎无料理小船，而虏皆小哨，我大船尚涉深水，驾驶不快，故虏哨叠进登岸，为陆师尽歼，此一时之幸，非万全之策，以后宜戒之。然宣毅后镇犹能据流扼截，击沉虏船，擒获虏将虏兵，少壮陆师声势，亦行议赏。后冲镇泊石湖头，来援应快，冲沉虏船一只，亦行议赏。至领兵陈广坐一沙船，出入虏■〈舟宗〉攻击，用命可嘉，应当优叙定赏。向使水师船只，尽如陈广一船，则虏哨可尽扑灭，片帆不还矣。其余中冲镇、宣毅前镇并陈继美等，初十日之冲截虏船，十三日之擒获后■〈舟宗〉，此皆水师职分宜然，平平无奇，何足议勳？援剿前镇戴捷督火攻营，许祥、傅初及协理大炮蒋宠在寨演放大炮，击伤虏兵虏船，俱当议赏。
日者海门之役，虏船乘风连排而出，初时西风甚静，我舟错在不起椗，以致忠靖伯数船失事。至风起以后，政好乘风施展，左冲右突，使虑首尾不能相顾，俟虑船星□□偏，俾擒获焚毁，收其全胜，斯为奇勳。若大■〈舟宗〉□□未散，仅擒获一二只，何足济事？乃当日各镇船只，游移驾驶，心力不齐，论此一□，罪多而勳少。今本藩就中酌议叙赏，以示鼓励。当南风初起，右武卫坐驾先冲击虏船，遂并夺章红眼一船时，翁求多、王锡、正兵骁翊颜奇、许新、陈六船协力副之，应行叙赏。虏先锋乌沙一船，纵横莫何，而严保、张盛奋力协击，前提督下刘仁、正兵镇翼将李长之船，协力获之，杀其巨酋，余虏尽歼，亦当叙赏。右武卫协将萧泗，风静时驾小船夺回杨元标铳船，亦可议赏。至虏船三只来援虏先锋哨，我前提督坐驾同所辖许胜、□彪、廖程、陈德等船擒焚虏哨一只，又前提督下翁求多、许国昌、阮盛同右□卫下□欲、□纠等船擒焚虏哨一只，亦当叙赏。其余冲散零星船只，虽有擒焚，不足为武，无容议及。若宣毅右镇下风据上，繇（由）圭屿北直进，一齐冲击，察辖下将领有擒获虏哨者，准与议赏。户官船原泊浯屿，赶来接应，向前击杀，察辖下将领有擒焚虏哨者，准与议赏。其正熕船演放大熕，攻击虏船虏兵者，亦行薄赏，着兵官照格议行』。
命兵官忠振伯同戎政王秀奇逮右虎卫陈鹏至，并拘家属，讯服通虏遏师之罪，登时寸磔以徇军中，并诛妻子。拔陈蟒为虎卫右镇，以不与镇谋，并有功次。
朱逷先先生曰：『漳州海门之战，清兵由漳港、同安港两路出师，而各有重要人物主持。此书对于两港主要敌师，既不明叙，已无知彼知己之明，又不能先提纲领，再为分叙，遂致两港人物，时有混淆。如叙漳港之师，而言黄梧、施琅等不敢前进，只在观望。而阮旻锡叙此战则较明晰。如云：「漳州港内，先遣大船一百号，配以汉兵，部院李率泰同海澄公黄梧督之，出海澄港。同安港收拾小船，满将军达素同同安总镇施琅，配以满兵，横渡高崎」（见海上见闻录上）』。
二十日，拔前协何义为虎卫左镇，拔陈广入侍卫管效缺。
二十五日，报达素回省，传令各船并舵梢暂发回候，七月有令再吊（调）。
藩集诸将议曰：『此番达虏来侵，虽被我杀败，其船只所失无几，满虑领先锋者所擒杀亦不多。伪朝既吊（调）数省兵马船只，动费许多钱粮，若此一战，达素、率太亦难回奏，势必凑集再决胜负。但舵梢□□吊（调）齐，动京（经）数月，我师粮费浩繁，岂能坐待其战？尔等各归原汛，就地养兵，又须□□家眷□□浯州、金门，并空思明以待之。诸将但□听令派札汛地』。遣左先锋札佛潭桥，宣毅右镇札铜山、古雷，宣毅左镇、右冲〔镇〕札云霄，义武镇、游兵镇札旧镇、杜浔，智武镇、前冲镇札南溪、钱山、龙井，援剿右镇札海门，礼武镇札三都，援剿左镇札崇武，奇兵镇札湄洲，正兵镇札南日，宣毅前镇札海坛，后劲镇札诏安、玄钟，援剿前〔镇〕札高崎，左冲镇札新城，前提督札思明州，亲军等镇随本藩驻札浯州。
六月初□日，藩驾驻浯州后埔城。其思明州将领官兵家眷一尽移金门、浯州、烈屿等处。居民有搬移过水者，听其自便，不禁。
藩发谕与达素并伪院李率太，约其合兵再战，仍遣以巾帼，不敢再战则受之。差礼武镇、犯罪中军吴亮并罪犯俞承二人，俱持巾帼，并谕赴达素等二处投递。达素、率太答书俱受巾帼，厚待差员。而回书谕俱在礼科。
七月，藩驾驻后浦城。
初五日，藩差员特颁左冲镇黄安银三百两赐之，以孤城锁钥，前临大敌，尤（犹）拨出陈广为水师，得功受赏。其自守城池，固如金汤。兹番大队出征，并空思明，又独任而不请代，真良将也。左冲镇望北拜受，仍以三百两颁分将领官兵，均沾藩赐，三军倍为欢腾。
初十日，遣右武卫周全斌提督亲军骁骑镇马信率左右虎卫镇、后冲、中冲、正兵、奇兵等镇北征，略地取粮。□吊（调）□劲□□□□协防漳港。
二十日，右武卫周全斌等攻破□□□□顽寨。其寨依山近水，我师湾泊，时常恃□阻梗，出没牵我哨船，至是平之，藉其资重粮米甚多。
八月，藩驾驻后浦城。
初八日，吊（调）回奇兵镇札兴化一带地方，正兵镇札福清一带地方，宣毅右镇黄元统领仁武、义武二镇札澄海、小埕、长乐一带地方，联络征饷。
九月，藩驾驻后浦城。
初三日，思明知州邓会条陈：
『思明附城内外百姓未有回家，惟有禾山四都一二贫民妇女窃自逃回。据百姓纷诉：「本藩令谕搬移，出于爱民，敢不遵依。第搬移日久，风餐露宿，百苦备尝，搬回出于不得已也」。职思狡虑既已败回，再犯必奉伪旨。百姓搬出已久，若不放其归回，四民失业，未困于敌，先死于饥也。除搬回者暂准安住，其未回者听从民便』。
藩批曰：『是』。繇（由）是思明百姓并将领家眷络绎而回。
二十日北征右武卫等班回，藩令各镇修葺船只，轮番出征。
十月，藩驾回驻思明州。报达素回京，各水师尽吊（调），俱阁在岸边。
催各镇修葺船只，限月终报竣，赴十一月出征。
十一月，藩驾移驻金门城。
初二日，遣右武卫周全斌为总督，提调左右虎卫镇、援剿后镇；以马挂印为副督，提调罗蕴章；仍以宣毅后镇吴豪暂统宣毅前镇、殿兵、游兵等镇及后冲副将张华；以中冲镇暂统领宣毅左镇、右卫等镇；以援剿前镇暂统领英兵、后劲二镇；而后冲镇总领水师官兵；前往南下取粮。
是月右武卫等师到潮阳县，进入和平贵屿取粮。攻破凤□□，杀败潮州援虏。各船俱取有粮米称是。
十二月，藩驾驻金门，吊（调）右武卫等南征大师班回。
十五年辛丑（一六六一）正月，藩驾驻思明州。传令大修船只，听令出征。集诸将密议曰：『天未厌乱，闰位犹在，使我南都之势，顿成瓦解之形。去年虽胜达虏一阵，伪朝未必遽肯悔战，则我之南北征驰，眷属未免劳顿。前年何廷斌所进台湾一图，田园万顷，沃野千里，饷税数十万，造船制器，吾民麟集，所优为者。近为红夷占据，城中夷伙，不上千人，攻之可垂手得者。我欲平克台湾，以为根本之地，安顿将领家眷，然后东征西讨，无内顾之忧，并可生聚教训也』。时众俱不敢违，然颇有难色。惟宣毅后镇吴豪京（经）到此处，独言『风水不可，水土多病』，藩心含之，谓其有阻贰师也。独协理中军戎政杨朝栋倡言可行，藩嘉与之，故于事平日任以府尹事，诛吴豪。
二月，藩提师札金门城，候理船只，进平台湾。时船只修葺未备，派首二程而行。首程本藩并文武亲军右武卫、左右虎卫提督骁骑镇、左先锋、中冲〔镇〕、后冲镇、宣毅前后镇、礼武镇、援剿后镇等刻期先行。令镇守澎湖游击洪暄前导引港。以兵官前提督居守思明州，户官居守金门。藩亲祭江，传令船只尽驾到料罗澳，催官兵候齐听令，下船开驾。
三月初十日，藩驾驻料罗候顺风□□，□□□多以过洋为难，思逃者多。随委英兵镇陈瑞搜获捉解。
二十二日，催官兵在船。
二十三午，天时霁静，自料罗□□。
二十四日，各船俱齐到澎湖，分各屿驻札。藩驻埘内屿，候风开驾。
二十七日，大师开驾，至柑桔屿阻风，又收回彭湖埘内屿。时官兵多不带行粮，因何廷斌称数日到台湾，粮米不竭，至是阻风乏粮。藩令户都事同洪游击就彭湖三十六屿□取行粮□□正供。时吊（调）集各澳长追取接给，各澳长搜索二日，回称：『各屿并无田园，可种禾粟，惟蕃薯、大麦、黍稷，升斗凑解，合有百余石，不足当大师一餐之用』。藩惊乏粮，又恐北风无期，随于三十晚传令开驾。时风报（暴）未息，风雨阴雾，管中军船蔡翼并陈广等跪禀：『暂候风雨开驾』。藩谕曰：『冰坚可渡，天意有在。天意若付我平定台湾，今晚开驾后，自然风恬浪静矣。不然，官兵岂堪坐困断岛受饿也』？是晚一更后，传令开驾，风雨少间，然波浪未息，惊险殊甚。迨至三更后，则云收雨散，天气明朗，顺风驾驶。
四月初一日黎明，藩坐驾船即至台湾外沙线，各船鱼贯络绎亦至。辰时天亮，即到鹿耳门线外。本藩随下小哨，繇（由）鹿耳门先登岸，踏勘营地。午后，大船齐进鹿耳门。先时此港颇浅，大■〈舟宗〉船俱无出入，是日水涨数尺，我舟极大者亦无□□，□天意默助也。是晚，我舟齐到，泊禾寮港，登岸，札营近街坊梨□□□□□□□镇督虎卫将坐铳船札鹿耳门，□□水师甲板，并防北线尾。
是晚，赤崁城夷长猫难实叮发炮击我营盘，并焚马□□□。其赤崁街系我民居草厝，藩恐被焚毁粮粟，特差户都事杨英持令箭委同杨戎政督同援剿后镇张志官兵看守堵御，不许官兵混搬，亦不可致红夷焚毁，候明日分派发给官兵粮食。繇（由）是各街米粟看守完全，无敢侵扰。次日，即令户都事杨英将街中米粟，一尽分发各镇兵粮，计匀足半个月。
初三日，宣毅前镇□官兵札营北线尾，夷长揆一城上见我北线尾官兵未备，遣战将拔鬼仔率鸟铳兵数百前来冲□，被宣毅前镇督率向敌一鼓而歼，夷将拔鬼仔战死阵中，余夷被杀殆尽。
初四日，赤崁城夷长猫难实叮以孤城援绝，城中乏水，欲降。先一日，其弟同妇外□游，被我兵捉获解藩，藩慰谕□，加意□□送归赤崁城，与兄实叮道述德意。至是日议降，藩遣番通事吴迈、李仲同杨戎政招谕之，誓无杀害之意。遂赴藩前纳降，仍令原驻城中，并厚赐唐山土仪。藩遂遣实叮往台湾城招揆一来降。令谕招我百姓回家乐业。
初五日，夷王揆一遣我民充番通事胡兴同揆一人□□藩说和，藩谕令夷长来见。
初六日，揆一遣夷长□□□等同实叮□□□见，藩赐宴厚礼之，令何廷斌问：『揆一何日出降』？答云：『揆一无降，若藩主兵将抽回，年输□税若干万并土产□□货随意听从，年年照例贡纳。至此番大师船只俱纳□□□归官兵，愿送劳师银十万两』云云，余无敢言。藩却之，令发回。
各近社土番头目，俱来迎附，如新善、开感等里，藩令厚宴，并赐正副土官袍帽靴带。繇（由）是南北路土社闻风归附者接踵而至，各照例宴赐之。土社悉平，怀服。
时红夷尚有水师甲板在港。藩遣宣毅前镇、侍卫镇陈广并左虎协陈冲等为水师攻打甲板一□，□击沉甲板一只，烧焚甲板一只，走回一只。自后甲板泊宿台湾城下。
初七日，藩督师移札崑身山，传谕候令进攻台湾城。
十二日，藩驾亲临蚊港，相度地势，并观四社土民向背何如。驾过，土民男妇壶浆迎者塞道。藩慰劳之，赐之□□，甚是喜慰。
台湾城未攻，官兵乏粮。
二十二日，遣杨戎政并户都事杨英，同通事何廷斌，查察各乡社有红夷所积粟石及糖麦等物回报，发给兵粮，计粟六千石，糖三千余石。
二十四日，藩以台湾孤城无援，攻打未免杀伤，围困俟其自降。随将各镇分派汛地屯垦。派提督马信督辖兵札台湾街守困之。
礼武镇林福被红夷铳伤，拨协将洪羽管礼武镇。
五月初二日，藩驾驻台湾，集文武各官会审投掠台湾百姓银两、盗匿粟石罪犯。宣毅后镇吴豪伏罪被诛，以右武卫右协魏国管宣毅后镇事。虎卫右镇陈蟒亦有罪，捆责革职。
二程官兵左冲、前冲、智武、英兵、游兵、殿兵等镇到台湾。以左冲镇黄安管虎卫右镇，以提督骁骑亲随营蔡文管左冲镇事。
改赤崁地方为东都明京，设一府二县。以府为承天府，天兴县、万年县。杨戎政为府尹。以庄文烈知天兴县事，祝敬知万年县事。行府尹查报田园册籍，征纳□银。改台湾为安平镇。
十八日，本藩令谕云：
『东都明京，开国立家，可为万世不拔基业。本藩已手辟草昧，与尔文武各官及各镇大小将领官兵家眷□来胥宇，总必创建田宅等项，以遗子孙。计但一劳永逸，当以己力京（经）营，不准混侵土民及百姓现耕物业。兹将条款开列于后，咸使遵依。如有违越，法在必究。着户官刻板颁行。特谕。
一、承天府安平镇，本藩暂建都于此，文武各官及总镇大小将领家眷暂住于此。随人多少圈地，永为世业，以佃以渔及京（经）商取一时之利；但不许混圈土民及百姓现耕田地。
一、各处地方，或田或地，文武各官随意选择创置庄屋，尽其力量，永为世业；但不许纷争及混圈土民及百姓现耕田地。
一、本藩阅览形胜，建都之处，文武各官及总镇大小将领，设立衙门，亦准圈地创置庄屋，永为世业；但不许混圈土民及百姓现耕田地。
一、文武各官圈地之处，所有山林及陂池，具图来献，本藩薄定赋税，便属其人掌管；须自照管爱惜，不可斧斤不时，竭泽而渔，庶后来永享无疆之利。
一、各镇及大小将领官兵派拨汛地，准就彼处择地起盖房屋，开辟田地，尽其力量，永为世业，以佃以渔及京（经）商；但不许混圈土民及百姓现耕田地。
一、各镇及大小将领派拨汛地，其处有山林陂池，具启报闻，本藩即行给赏；须自照管爱惜，不可斧斤不时，竭择而渔，使后来永享无疆之利。
一、沿海各澳，除现在有网位、罟位、本藩委官征税外，其余分与文武各官及总镇大小将领前去照管，不许混取，候定赋税。
一、文武各官开垦田地，必先赴本藩报明亩数而后开垦。至于百姓必开亩数报明承天府，方准开垦。如有先垦而后报，及少报而垦多者，察出定将田地没官，仍行从重究处』。
六月，藩驾驻承天府，遣发各镇营归汛。左先锋札北路新港仔、竹堑，以援剿后镇、后冲镇、智武镇、英兵镇、虎卫右镇继札屯垦，以中冲、义武、左冲、前冲、游兵等镇札南路凤山、观音山屯垦。颁发文武官照原给额各六个月俸役银付之开垦。
十六日，宣毅左镇万义、右冲镇万禄据铜山所□叛逃归虏，挟管铜山地方事忠匡伯张进以归，不从，死之。先时藩派义、禄等二程来□，暂札铜山地方，至是催另□到，遂据城从虏，挟持张进同叛，进诈□□□密室请□□□藏火药与之□□□□颇知不赴其会□□见虏进□□□自焚死，虏即至铜，兵官忠振伯令留守兵将□忠勇侯统水师复之，二万同虏逃走，铜山如故。报至，藩令总理监营翁天佑镇守铜山，令旌奖忠匡伯进祀忠臣庙，位第一，议官其子，优恤其家。
七月，藩驾驻承天府。户官运粮船不至，官兵乏粮，每乡斗价至四、五钱不等。令民间输纳杂子蕃薯，发给兵粮。红夷甲板船至，吊（调）右武卫前协裴德帮守安平镇。
援剿后镇、后冲镇官兵激变大肚土番叛，冲杀左先锋镇营，杨祖与战，被伤败回，至省病，死之。围援剿后镇张志营，右虎卫、英兵镇、智武镇□□，差兵都事李胤监制各□，不准搅扰土社，吊（调）后冲镇等移札南社。
八月，藩驾驻承天府。户官运粮船犹不至，官兵至食木子充饥，日忧脱巾之变。藩心含之，大书于座前云：『户失先定罪』。遣杨府尹同户都杨英往鹿耳门守候粮船，并官私船有东来者尽行买籴给兵。
甲板船来犯，被藩令宣毅前镇陈泽并戎旗左右协水师陈□美、朱尧、罗蕴章等击败之，夺获甲板二只、小艇三只，宣毅前镇副将林进绅战死。自是甲板永不敢犯。
二十二日，遣户都事杨英押米船前往二林、南社，接给兵粮，并同李胤察访兵心何如，回报。时粮米不接，官兵日只二餐，多有病没，兵心嗷嗷。
二十八日，藩令户都事杨英持金十锭，同杨戒政驰往四社买籴禾粟，接给兵粮，计可给十日兵食，回报。随后英染〔病〕□□□□，此后不知军中机宜，不敢冒〔载〕。
朱逷先先生曰：『本书书取台湾时之困苦艰难，皆他书所未见，盖非身历其境，不能道也。
本书于永历十五年正月记成功集诸将密议征台，将士多不欲行。迨三月初十日候风开驾，而官兵则以过洋为难，思逃者多。阮旻锡记此事，亦有足补此书之缺者。如云：「永历十五年十二月，改台湾名东宁。时以各社土田分给与水陆诸提镇，而令各搬其家眷至东宁居住，令兵丁俱各屯垦。初至水土不服，疫疠大作，病者十之七八，死者甚多，加以用法严峻，果于诛杀；于是人心惶惶，诸将解体。永历十六年正月，赐姓严谕搬眷，郑泰、洪旭、黄廷等皆不欲行，于是不发一船至台湾，而差船来调监纪洪初辟等十人分管番社，皆留住不往，岛上信息隔绝」（海上见闻录卷二）。观此则初辟台湾时，将士多不愿行，即行矣，仍有「生入玉门」之意，故不肯迁移家眷，甚至留守之郑泰、洪旭等据思明、金门而抗令，封锁船舰，截留监纪。成功之发愤以卒，此亦其最大原因也，杀经之事，不过为其导火之线耳。
本书又于永历十五年三月、七月、八月屡记粮米匮乏事。案缺粮之厄，此下若何，杨英染病未曾记载。盖至十六年正月，思明、金门不发一船至台湾，则台湾已受经济封锁。其时开垦未多，且未至收获之时，自当坐以待毙矣。
观上列二事，已足见成功开辟台湾之不易。加以疾疫丧亡，番社叛变，其平定荷兰二城之困难，尚不与焉。成功既薨，世子经入台湾，平定拥立世袭之乱，即回驻思明。而沿海既迁界，不能掠取粮饷；未几，思明、金门又失，退守铜山，诸军乏粮。时台湾开垦之遗业，已有成效，民乐趣之。永历十八年三月，经率众回东宁，陈永华秉政，课耕种，通鱼盐，安抚土番，贸易外国，继成功之鸿烈，乃祚二世，辟利万禩，然后知非常之功，不世之业，非有卓识之豪杰，不能排万难而力行之也。成功开辟台湾之功，于是乎不朽矣。
魏源谓「明有郑和骋兵舶于西洋，郑成功夺红夷之岛国，彼二郑者，固中国之一奇也」（圣武纪卷八）！信哉！至今谈台湾郑氏者，犹有东南屏蔽之余思，而为国际重要之历史。设非杨英从征目睹之所记，则向之艰苦备尝之劳绩，亦已湮没无闻，而又何知其缔造之艰难哉』！
十六年壬寅（一六六二）四月，病愈，启陈农务□□□□□：
『□□□为本，民以食为天，□□□□用之□，不外劝农力耕而已。东来老屯，编氓素□，□□之法□论矣，至于各社，□□数□□众。抚其众而耕其□，教其法□竭其力，使适意开垦，越陌□阡，则按例□□年可岁供百万也。
英随藩主十四年许矣，扈从历遍，未有如此处土地膏腴饶沃也。惜乎土民耕种，未得其法，无有人教之耳。英去年四月间，随驾蚊港，路京（经）四社，颇知土民风俗。至八月，奉旨南社，适登秋收之期，目睹禾稻遍亩，土民逐穗采拔，不识钩镰割获之便。一甲之稻，云采数十日方完。访其开垦，不知犁耙锄□之快，只用手□□凿，一甲之园，必一月□□□□□□□。至近水湿田，置之无用。如此，虽有广土众民，竟亦人事不齐，地力□□，□□□□□盈仓辇来京都上贡乎？
以英愚昧，谓宜于归顺各社，每社发农□一名，铁犁耙锄各一副，熟牛一头，使教□牛犁耙之法，□种五谷割获之方，聚教群习。彼见其用力少而取效速，耕种易而收获多，谓不欣然效尤，护其旧习之难且劳者，未之有也。书曰：「因民之所利而利之」，斯不亦惠而不费乎？
然此必官□□□□已奉公，用心抚绥，家喻户晓，恩威教导，垦多力耕者有赏，怠玩少作者有罚，□□□男女户口，度其力量授田，然后计亩征输焉。行见粟无可□□处，民□□□□□。□□：「□□□知礼义，衣食足知荣辱」，□在上者教以事上死长之□，□□□□□□□□□□□□□易共跻雍熙之世，□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□胜任。至于各社尤（下缺）』