永乐四年，命丰城侯李彬等沿海捕倭，招岛人、蜑户、贾竖、渔丁为兵。
嘉靖二十六年。都御史朱纨、副使柯乔以海澳耆民充捕盗。都指挥黎秀议：日本倭先年内犯，朝廷屡下备倭之诏，及委重臣以督海防，是以海防乂安。今承平日久，军民趋利忘害，而各处轻生之徒，攘臂向前，私通贸易。向尝缉绝，今复启衅。若不预行究治，恐祸患日深，卒难禁制也。既而复上议曰：近署安边馆事，谂知违禁通番大船之详。其船皆造于外岛而泊于内澳，或开驾以通番，或转售于贼党。而嵩屿、渐尾、长屿、海沧、石马、许林、白石等澳，乃海贼之渊薮也。近欲行禁治，恐澳甲势要，抗拒不服，反速其祸。乞行府县巡捕官，亲诣各澳，密行擒治。船只应烧毁者烧毁，应留用者留用，使顽民知警，而通番之风少息矣。议上，秀遂大为漳泉耆民捕盗怨谤，致劾免官。后十余年，倭患大炽，沿海数千里，生灵靡不荼毒。
嘉靖三十七年，都御史王询请分福建水军，福、兴为一路，泉、漳为一路，各领以参将。泉、漳参将驻诏安，自南日山至浯屿、铜山、元钟等处，皆听节制。
嘉靖三十九年，都御史唐顺之请严福建沿海通倭之禁。《筹海图编》倭寇拥众而来，动以千万计，非能自至也，由福建内地奸人接济之也。济以米水，然后敢久延；济以货物，然后敢贸易；济以向导，然后敢深入。所以稽察之者，其在沿海寨司之官乎？稽察之说有二：其一曰，稽其船式。盖国朝明禁寸板不得下海，法固严矣，然滨海之民以海为生，采捕鱼虾有不得禁者，则易以混焉。要之，双桅尖底，始可通番，各官司于采捕之船，定以平底单桅，别以记号。违者毁之，照例问拟，则船有定式，而接济无所施矣。其二曰，稽其装载。盖有船虽小，亦分载出海。合之以通番者。各官司严加盘诘，如果是采捕之船，则计其合带米水之外，有无违禁器物乎？其回也，鱼虾之外，有无贩载番货乎？有之即照例问拟，则载有定限，接济无所容矣。此须海道官严行，设如某寨责成某官，某地责成某哨，某处定以某号，某澳东以某甲，如此而谓通番之不可禁，吾未之信也。
嘉靖四十一年，总兵俞大猷请修沿海墩台以备了望。俞大猷《条议山海事宜揭》：一曰，修墩台以备了望。盖寇盗之来，先见则众心不骇，预待则谋画有定。国初倭奴为害，故于沿海去处，各置水寨守备，仍于沿海高阜，设立墩台以为了望之所，保民除害之规，一何详且尽哉！今者海寇之患不灭倭奴，沿海墩台堕废，了望无人，故寇得以乘间窃发，掩吾民之不备。宜访其旧而复之，则贼船未至之先，村民已知所儆戒：欲趋避则得其方，欲捍御则得从容合勇以乘势也。
嘉靖四十三年，巡抚谭纶请复五寨旧地，各以武职一人领之。疏略：五寨守扼外洋，法甚周密，宜复旧制：以烽火门、南日、浯屿三■〈舟宗〉为正兵；铜山，小埕二■〈舟宗〉为游兵。寨设把总，分汛地，明斥堠，严会哨。改三路参将为守备。分新募浙兵为二班，各九千人，春秋番上。各县民壮皆补用精悍，每府领以武职一人。兵备使者，以时阅视，皆从之。
隆庆四年，添设浯、铜游兵。详见兵制。