嘉靖中，有佛郎机船载货泊浯屿，漳龙溪八、九都民及泉之贾人往贸易焉。巡海道至，发兵攻夷船，而贩者不止。总督闽浙都御史朱纨获通贩者九十余人，悉斩之，而海禁严。三十六年，海寇许老、谢策等突至月港，大杀掠。明年冬，诱倭寇三千人再抵月港，散劫八、九都，往来浯屿间。寇累岁不息，土人乘机为叛，号二十四将，沿海骚然。四十三年，巡海道周贤宣计讨平之。其明年，奏设海澄县治。
隆庆初年，巡抚福建涂泽民题请开海禁，准贩东西二洋。通政唐顺之有云：『国初，浙、福、广三省设市舶司。在浙江者，专为日本入贡，带有货物，许其交易。在广东者，则西洋番舶之辏，许其交易而抽分之。若福建既不通贡，又不通舶，而国初设立市舶之意，漫不可考矣。舶之为利也，譬之矿然。封闭矿洞，驱斥矿徒，是为上策。度不能闭，则国收其利权而自操之，是为中策。不闭不收，利孔漏泄，以资奸萌啸聚其间，斯无策矣。今海贼据浯屿、南屿诸岛，公然番舶之利；而中土之民，交通接济，杀之而不能止，则利权之在也。宜备查国初设立市舶之意，毋泄利孔，使奸人得乘其便』。其于海禁利害晰如也。
然市舶之与商舶，其说稍异。市舶者，诸夷舶泊吾近地，与内地民互为市，若广之濠镜澳然。商舶则土著民醵钱造舟，装土产，径望东西洋而去，与海岛诸夷相贸易；其出有时，其归有候。广洋巨浸，船一开颿，四望惟天水相粘无畔岸。而海人习知海道者，率用指南针（即罗经）为其导向。相传有航海针经。针或单用，或指两辰间，以前知某洋岛所在。约更时当行水路几许，打量水深浅几托（方言几仞为几托），海中岛屿作何状，某洋礁险宜慎，或风云气候不常，以何法趋避之。异时海贩船十损二、三，及循习于常所往来，舟无恙若安澜焉。盖海滨民射利精如此。
东洋若吕宋、苏禄诸国，西洋暹罗、占城诸国及安南、交趾，皆我羁縻属国无侵叛，故商舶不为禁（东洋有吕宋、屋同沙瑶、玳瑁、宿雾文来、南旺、大港、吶哔啴、磨荖英、笔架山密雁、中邦、以宁、麻里吕、米六合、高药武运、福河仑、岸塘、吕蓬；西洋有下港、暹罗、旧港、交趾、柬埔寨、丁机宜、顺塔、占城、马六甲、顺化、大泥、乌汀礁林、新州、哑齐、交■〈口留〉吧哪、彭西宁、陆坤、占陂、高趾州、篱木、高堤里邻、吉连单、柔佛、吉宁邦日隶、安丁义里、迟闷、苏禄、班隘；又有鸡笼、淡水，不系东西洋船数），而特严禁贩日本者，比于通番接济之例。
先是海澄未置县时，有靖海馆，以通判一员司巡缉，其后请设海防同知，易靖海馆为海防馆。万历二年，巡抚刘尧诲题请舶税充饷，岁以六千两为额，委海防同知专督理之，刊海税禁约一十七事（时海防同知沈植条陈）。其禁压冬议，以为过洋之船，以东北风去，西南风回，虽回缓亦不过夏。惟自倭回者，必候九、十月间风汛，且日本无货，只有金银。凡船至九、十月方回又无货物者，明系展转交倭，纵有给引，仍坐以通倭罪；同■〈舟宗〉船伙及澳甲等许其举首给赏之。于时凡贩东西二洋、鸡笼、淡水诸番及广东高、雷州、北港等处商渔船引俱海防官为管给，每引纳税银多寡有差，名曰「引税」（东西洋每引纳税银三两，鸡笼、淡水及广东引纳税银一两，其后加增东西洋税银六两，鸡笼、淡水税银二两；万历十八年，革商渔文引，归沿海州县给发，惟番引仍旧）。每请引百张为率，随告随给，尽即请继，原未定其地，而亦未限其船。十七年，巡抚周釆议将东西二洋番舶题定只数，岁限八十八只，给引如之。后以自变量有限，而私贩者多，增至百一十引矣。
其征税之规，有水饷，有陆饷，有加增饷。水饷者，以船之广狭为准，其饷出于船商。陆饷者，以货之多寡计值征饷，其饷出于铺商。又虑有藏匿，禁船毋辄起货，以铺商所接买货物应税之数给号票，令就船完纳而后许鬻卖焉（西洋船面阔一丈六尺以上者，征饷银五两，每多一尺，加银五钱。东洋船颇小，量减西洋十分之三。陆饷：胡椒、苏木等货计值银一两者，征饷银二分。鸡笼、淡水名曰小番，地近船小，每船面阔一尺，征水饷银五钱，陆饷亦如东西二洋之例）。加增饷者，东洋中有吕宋，其地无出产，番人率用银钱（钱用银铸造，字用番文，九六成色，漳人今多用之）易货，船多空回，即有货亦无几，故商贩回澳，征抽水、陆二饷外，属吕宋船者，每船另追银百五十两，谓之加增（后各商苦难输纳，万历十八年量减，止征一百二十两）。每年至五六月、七八月间，风汛届期，各商船回至海外，俱由南澳、浯铜诸水寨及岛尾、濠门、海门各巡简司信地经过，随报府县及海防馆逐程拨船护送防寇掠，其实稽察隐匿饷税者云。
自万历四年，饷溢额至一万两，刊入章程录。至十一年，累增至二万两有余。二十一年，报倭警，禁止通贩，而海滨民苦为生难，辄违禁私下海，或假借县给买榖捕鱼之引故越贩。于是巡抚诈孚远深念之，恐复为变如嘉靖时，出示招谕，凡留贩人船，不论从前有引无引、日远日近，俱准驾回照例报官纳饷，一切私通及压冬情罪悉宥免。是时越贩商人胡台、谢楠等二十四船，闻抚绥令，皆驾船回澳报饷，与正引之商一例征纳。二十二年，饷骤益至二万九千余两。然则海民趋利之情，与商舶通塞之利病，其大略可睹矣。
其后当事者疑税饷多寡，海门馆所报不尽实，始议仿各处关税之例，岁委各府佐贰官一员轮管之，示清核毋专利窟。而泉州以兵饷告匮，分巡兴泉道建议于泉州中左所设官抽饷，如漳之海防例，令漳民贩西洋，泉民贩东洋，毋相搀越。事并下府议。时漳民纷争不便，乃具详言『本府属县岁派额饷数少，民又多逋，军需往往告匮，即隆庆间开设海澄舶税，仅数千金，万历间增至一万两，以此佐之，犹且不敷，动请司饷济给，考之累年，各请发司饷二万两，往牒具在也。迨十三年以后，舶税增至二万余两，兼以概府尺土半廛凡属官者，靡不括以充饷，即铁炉、牛行、渡船、网税，搜无遗利，始免仰给司帑，然亦必县饷、舶税尽数征完，方克有济。查见在十县饷额共三万七千七百九十余两，凑舶税二万余两，大都在六万上下，而水陆官兵月粮、修船、置器、犒赏诸费，岁不下六万两。如万历二十一年禁海饷绌，则括府县帑藏及借诸站剩等银支用，岂有赢余积藏于库哉？漳、泉均为海郡，兵饷并属吃紧，饷在漳则漳利，饷在泉则泉利，其便均也，漳饷匮则请在漳，泉饷匮则请在泉，其不便亦均也。今欲以东西洋分属漳、泉，割漳饷以赡泉兵，不惟漳之兵食无所措给，从此私贩之徒缘为奸利、不漳不泉、东影西射、公然四出、不可究诘者，又当什百于昔日。本府筹之未见善画，在彼府计其无弊何如耳』。惟是榷税不专责于海防官，听上裁，于是漳、泉分贩议罢不行，而题请改设饷馆，给关防。
会上方大榷天下关税。二十七年，中贵人衔命至闽，凡山海关津之税，毕搜罗以进内帑，而舶税归内监委官征收矣（时议委三司首领一员与内监委官协管）。于正税外派办进方物费不赀，重以委官需索，土人狡谲无忌惮者投充为巡拦，恣扰害，漳民情用汹汹焉，赖有司调停安辑之，不为变。
而是时漳、泉民贩吕宋者，或折阅破产，及犯压冬禁不得归，流寓异土，筑庐舍，操佣贾杂作为生活，或娶妇长子孙者有之，人口以数万计。而同安人张嶷者，缪奏言海有机易山，与福建相近，地产金，若采取，可得成金无算。有诏遣中贵人委官往勘视。而吕宋番闻之，大恐；以中国将略取夷地，诸流寓人皆内应也。于是尽坑杀漳、泉民之在吕宋者以二万人。事闻，张嶷以欺罔首祸置极刑。
三十四年，有旨封闭天下矿洞，其各直省税课，令所在有司照常征解。命甫下，海内忻忻有更生之望。而所在税监仍奏请转解税课及办进上土产方物，且言税归有司，于地方无所事事，乞召回。于是旨纷出，先后互异：税银准解工部，又总解税监分进内库；土产方物准折办，又敕该监照旧办进。其布政司银既汇解，而税监者又欲州县有司径解及代办方物；有司莫知所从，事纷然久之。布政司乃具咨呈户部请画一，而部咨回复，以藩司一邦之主，若金花税粮等银，何莫不由藩司，而州县敢于经解乎！近者南赣巡抚题奉明旨：『各处税课都着类总解税监分解应用』。是「各处」者，指各直省言也；「类总解监」者，明令布政司类总也，若由州县径解，当云「各解」，何须「类总」为乎？土产方物乃税监芹曝之诚，非有司贡献之礼，抚臣既题准折办及措处加平等费，续奉明旨照旧办进，并未有有司备办之旨，谨始虑终，正在今日。该省抚按亟当移会该监，备将历来明旨开导其详，使知「类总」二字，旨意昭然，径解之举，终属悖谬矣。
自是议稍定，当事复申前饷馆委官之议。以海澄洋税原议轮委各府佐贰征收，但外府之官远来住札非便，而增设供应人役，所费亦繁，不若于本府佐贰五员内岁委一员管理，事无专属，既于原议不悖，且于事体为宜。议允行本府官承委，岁一更代云。
先是投矿税为羽翼者探知海夷有别种，号红毛番，饶财宝，擅给中使文移招谕以来，船泊彭湖。其人非东西洋种人，发纯赤，强而多力，以船为家，于海岛诸港门贩鬻为生涯。其船宏壮甚，出没海洋怒涛中亡所损，为兵器自护卫，若佛郎机铳、发贡铳之属亦甚具。其交易颇以信义，怒辄杀人，海岛中诸夷恒畏避之。利中国罗绮、缯布、器皿诸货。诸奸人啖以利，谓漳之南澳、彭湖岛可以市舶。红夷者以为信，至凡数船。事闻，抚按行守巡道议，以市舶必不可许，且奏下兵部，覆疏请明旨诘责中使，令所在守将督信地兵严拒之。红夷船始去。而漳泉间射利者意觖觖，以为此不费航海而坐收远夷珍宝利百倍，若之何失之！呜呼！其亦不思甚矣哉！夷性无常，非我族类，而海边恶少民尤习狙诈，无事犹将勾引接济，为寇攘地，况日夕与豺狼处，非欺负货物，激怒夷而至为变，则将为阴阳播弄，啖夷以玉帛子女而为之向导；患之至也，其何日之有！若嘉靖中倭寇藉入贡蹂躏宁、绍间，皆起于市货不售，土人贪戾无行者为构，诱煽乱祸，蔓延至不可解。殷鉴不远，为闽计可复尔耶！
或曰：红夷性朴直，非狡倭比。是又不然。独不闻广香山之有澳夷乎？其初亦寻常贩易，今结聚日众，盘据濠镜澳，诸作奸犯科者悉亡命藏匿其中，筑崇城百雉，阨险防兵，势骎迫于省会，若瘿之附项、疽之附骨，治之不可，养之日深，当事者廑以为忧矣。今之红夷，其疆鸷出澳夷上。迩年与澳夷争市舶地，相贼杀广之海上，澳夷辄不胜，而高峻其城郭以防御之。其人魁伟者，殆防风氏之骨专车焉，可玩其狡不如倭而垂涎以为利薮，此奸人之以国为尝者也。
红毛番本名米粟果，佛郎机与国也。其国当中国之背，晨昏昼夜皆相反，去此四万余里。由西洋来者转大浪山，大险远；由东洋来者，至末利加国半年程，更造舟，又逾半年程至吕宋，或径达中国。末利加有石矶阻海，如南之万里石塘也。佛郎机于诸夷多所款服，又内据香山，得中国贿帛，雄富诸番。米粟果性贼嫉，尚雠杀，海外夷与佛郎机俱畏之。常至中国望南澳广东，及掠岛屿人为向导，俱不得达。万历癸卯，泊下港，劫舟商，投择书两台内监。五月，自泊舟彭湖求互市。内监遽上闻，愿征饷数十万。事下两台，力持为不可。亟命督府驱之。先遣檄与其酋，且侦舟。舟长五十丈，横广六、七丈，五桅，上皆以铁为网，外漆打马油，其光可鉴。夷人皆深目长鼻，赤须朱发，长躯七、八尺，能华言华字。读檄讫，投帽于地，恚曰：『中国疑我耳！我金钱满艘，岂遽去哉』！导檄者遍视舟。至中舱，奉天甚谨。又出一画轴，皆华人衣冠，与其酋像群坐，曰：『此吾祖也。曾与中国人结兄弟甚好，今乃相忘』！又至舵后观铜盘，略如中华罗经，大径数尺，译言照海镜，识此可海上不迷。又悬自鸣钟，日夜司更，不击自鸣。其舟内设三层，壮者居上，稚子居下，皆有家室。层设铳三十六枚，外向三层皆然，名「麦穟铳」。其中桅之下置大铳，长二丈，中虚如四尺车轮，云『发此可洞裂石城，震数十里。中国人逼我时，烈此自沈耳，不愿为虏也』！其言语桀黠多类此。往复数次，竟欲求彭湖为香山，且中有主之者也。巳闻舟师大集，有献火舟策者，十一月乃徙去。然海上奸民私贸易，夷巳捆载归矣。
第今东南隐患，又不但此。顷抚臣奏言：『闽地斥卤硗埆，田不供食，以海为生、以洋舶为家者，十而九也。况今军需国课半取给于市艘，岂能禁之不去？但奸民有假给由引、私造大船、越贩日本者矣，其去也以一倍而博百倍之息，其来也又以一倍而博百倍之息。愚民蹈利如鹜，其于凌风破浪，直偃息视之。违禁私通，日益月盛。有暗结婚姻，有私受夷职，甚者或卖船以资敌。我无晋魏绛之五利，而彼饶中行说之三窟，长此安穷？况今琉球告急，属国为俘，而沿海奸民扬帆无忌，万一倭奴窃据，窥及鸡笼、淡水，此辈或从而勾引之，门庭之寇，可不为大忧乎！请申饬沿海清查由引，严禁压冬，不许私造违式大船，及以引饷事权归海道管核便』。■〈琉，代王〉下兵部覆，如议行。而沿海民大黠猾及凭借有势力者，借东西洋由引而潜趋日本，时时有之，禁虽严，未全戢。
论曰：海舶非正赋也，而志之赋役何居？嘉隆之际，月港之乱，余不忍闻焉。自设县弛海以来，使穰穰者骛于利，潜销磨其不逞，吾又得操其什一以资军匮，庸讵非算乎？顾今东西洋利寖薄，贾人侵假而阑入倭境，又重设额外之征，横征敛以困辱之。兽穷则逸，鸟穷则攫，况轻悍习乱者，其又曷不至焉！呜乎！谨衣袽者念之哉！