董含云：“厥后又有钦天监南怀仁者，上所著《穷理学》一书。其言以灵魂为性，谓一切知识、记忆，不在於心，而在头脑之内。语既不经，旨极剌谬，命立焚之。”（八卷十四页）
西儒典藉，圣教之外，自天文、地舆，以及医乐、算数，不知凡几，皆本於大公至正，无不可告人者。自愧西陬下士，不谙中华文义，不诸翻译，未及仟一。圣教经文，海内共见者，不待言矣。若天文历法，私习有禁，止呈御览。其馀有志未逮，未尝有所谓《穷理学》一书也。天下之理不可不穷，而学则不可穷也。夫万事万物皆本於理，故格致为穷理之功。朱子所谓“人心莫不有知，天下之物莫不有理。”理未穷，则知未尽。所以穷理必求至极，然后物之表里精粗到，而心之全体大用明。此非西士偏私之义，中土先儒之真诠也。穷理之功固如是。而学则何可穷乎？就将之谓学时习之谓学。尽学之功，然后可以穷理之极。学穷，则理不能穷矣。今曰《穷理学》，西士从无是书。董含虚撄此名，不但不明西士之学，并中土之学，亦不知矣。刺谬若此，岂不为识者所讪乎？若夫灵魂谓性，理即有固然；天命之谓性，性即灵魂也。诬谓一切知识、记忆，不在於心，而在於头脑之内。虽至狂愚，亦不若此怪诞。夫心为灵明之主宰，人之一身动静语默，皆心主之。而云不在於心，作此妄语，以谤西儒，诚禽兽岂非能言之乎？南怀仁奉命翻译《格物穷理》之书，进呈睿览。即敕宗伯太史，详阅会校。煌煌天语，炳如星日。董含今曰：“立命焚之。”欲肆诬谤，敢於捏造圣旨。且赘於左道伏法朱方旦之后。是以天教为左道、西士为妖人，而欲僭天子之大权，诬之、杀之，以快其私心也。大逆不道，欺君惑世。严然刊布成书，流毒海内。谨摅愚衷，辩白一二，以俟贤士、大夫审定焉。
天主教辩疑
天主教辩疑题解
《天主教辩疑》是不知名作者所抄写的天主教传教护教著作。今底本，共59面，藏于法国国家图书馆 (Bibliothèque Nationale de France) ，古郎(Maurice Courant)编目为7074号。
此书通过对天主教有关天主、人、万物、天堂、地狱等教义的介绍，以及对天主教与儒道释三教的对比研究来宣扬天主教的信仰，并劝导人们及早信教、事奉天主。在宣扬天主教教义的同时，作者总是相应地与佛教教义进行对比，说明佛非天主，人不托生轮回，佛教天堂地狱与天教不同，以此来攻乎异端，扫除其害。作者作此书的目的就是为了传扬天主信仰，几乎每一节中，作者都有劝人信主的话语，并且在最后一节中，更是在总结前面内容的基础上劝人及时信奉天主。
《天主教辩疑》采用了许多别的传教护教文献的资料，如“就如如今人称万岁为朝廷。‘朝廷’两个字怎么解说？朝廷者，官阙耳。称朝廷，就是称那朝廷里头所居之万岁。”（参见《天主实义》）“至于道家，以汉末时真定府行唐县的一个道士张仪称为玉皇上帝，又以河北刘仪称为北极玄天上帝。”（参见《答客问》）所以，此书的成书年代不会太早。本书采用的是白话文，内容很象是一篇讲道词，也可能是几次谈话的记录，是一部道理精深全备，语言生动通俗的天主教作品。
天主教辩疑目录
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