康熙十七年，裁水师总兵官及镇标官为漳州镇，又裁海澄公标等官。又是年，设水师提督提标，分中、左、右、前、后五营。中营设参将以下等官，左、右、前、后四营设游击以下等官。 康熙二十三年，裁厦门总兵官并中、左、右、三营等官为南澳镇，又裁海澄水师副将并三营等官（十九年，恢复厦门，以总兵镇守。至是，移水师提督驻札。二十四年，施靖海建衙署）。又是年，以提标左营游击分驻石码。