* 四阿含暮鈔解二卷 6-548
* 大乘大義章三卷 6-524
* 肇論一卷 6-526
* 肇論疏三卷 6-559
* 肇論疏三卷 6-792
* 肇論新疏三卷 37-510
* 肇論新疏游刃三卷 37-511
* 寶藏論一卷 6-527
* 統略净住子净行法門二卷 6-531
* 經律異相五十卷 6-535
* 少室六門集一卷 6-544
* 三論遊意義一卷 6-773
* 三論玄義二卷 6-617
* 十二門論疏四卷 6-618
* 十二門論宗致義記四卷 7-90
* 百論疏十六卷 6-619
* 中觀論疏二十六卷 6-619
* 大乘玄論五卷 6-621
* 二諦章三卷 6-622
* 大乘三論略章一卷 6-623
* 净名玄論八卷 6-602
* 起信論一心二門大意一卷 6-548
* 大乘起信論義記一卷 6-560
* 大乘起信論義疏四卷 6-567
* 大乘起信論義記七卷 7-53
* 大乘起信論疏二卷 6-691
* 大乘起信論別記一卷 7-54
* 大乘起信論廣釋三卷 6-726
* 大乘起信論略述二卷 7-727
* 大乘止觀法門四卷 6-554
* 摩訶止觀十卷 6-589
* 摩訶止觀輔行傳弘決四十卷 6-653
* 摩訶止觀輔行搜要記十卷 6-654
* 摩訶止觀記中異義一卷 6-671
* 止觀義例一卷 6-732
* 止觀大意一卷 6-733
* 刪定止觀六卷 6-743
* 止觀科節一卷 6-782
* 釋禪波羅密次第法門十卷 6-590
* 禪門章一卷 6-591
* 六妙門一卷 6-593
* 四念處四卷 6-594
* 修習止觀坐禪法要一卷 6-591
* 禪門口訣一卷 6-592
* 禪門要略一卷 6-592
* 隨自意三昧一卷 6-555
* 諸法無諍三昧法門二卷 6-557
* 往生論注二卷 6-545
* 净土論三卷 6-788
* 二教論一卷 6-553
* 大智度論疏七卷 6-561
* 大乘義章二十卷 6-568
* 攝大乘義章一卷 7-114
* 觀心論一卷 6-595
* 觀心論疏五卷 6-503
* 觀心食法一卷 6-599
* 觀心誦經法一卷 6-599
* 觀心誦經法記一卷 6-734
* 五方便念佛門一卷 6-595
* 方等三昧行法一卷 6-596
* 法界次第初門三卷 6-588
* 净土十疑論一卷 6-588
* 净土十疑論注一卷 6-704
* 無得無依大乘四論玄義記七卷 6-734
* 大乘無生方便門一卷 26-704
* 阿毘達磨順正理論述文記二卷 6-790
* 大乘掌珍論疏一卷 6-774
* 因明入正理論疏一卷 7-30
* 因明入正理論疏八卷 7-12
* 因明入正理論義斷一卷 7-120
* 因明入正理論義纂要一卷 7-120
* 因明入正理論疏前記三卷 7-49
* 因明入正理論疏後記三卷 7-50
* 因明入正理論略記一卷 7-51
* 廣百論釋論疏一卷 6-786
* 阿毘達磨俱舍論疏七卷 7-28
* 俱舍論法宗原一卷 7-21
* 阿毘達磨俱舍論記一百卷 7-22
* 阿毘達磨俱舍論疏三十卷 7-31
* 阿毘達磨俱舍論頌疏二十九卷 7-37
* 阿毘達磨俱舍論頌疏義鈔六卷 7-65
* 阿毘達磨俱舍論頌疏記二十九卷 7-62
* 阿毘達磨俱舍論頌補疏一卷 6-778
* 辯中邊論述記六卷 7-8
* 瑜伽師地論略纂三十四卷 7-10
* 瑜伽師地論劫章頌一卷 7-11
* 瑜伽師地論義演二十二卷 6-744
* 瑜伽師地論分門記五卷 6-758
* 瑜伽師地論隨聽手記四卷 6-771
* 異部宗論述記三卷 7-19
* 百法明門論解一卷 7-6
* 大乘百法明門論本事分中略錄名數疏二卷 7-23
* 大乘百法明門論疏二卷 7-55
* 大乘百法明門論顯幽鈔三卷 6-716
* 大乘百法明門論開宗義記四卷 6-728
* 大乘百法明門論開宗義決一卷 6-729
* 成唯識論疏十卷 7-35
* 成唯識論掌中樞要八卷 7-14
* 成唯識論樞要記一卷 7-46
* 成唯識論別鈔四卷 7-15
* 唯識二十論述記四卷 7-9
* 成唯識論述記六十卷 7-17
* 成唯識論義蘊十卷 7-56
* 成唯識論疏鈔十六卷 7-43
* 成唯識論演秘七卷 7-47
* 成唯識論演秘釋一卷 7-57
* 成唯識論義演一百卷 7-56
* 成唯識論了義燈二十卷 7-119
* 成唯識論了義燈記一卷 7-48
* 唯識三十論要釋 6-777
* 注成唯識論一卷 6-776
* 成維識論俗詮十卷 37-509
* 因明正理門論述記三卷 7-29
* 釋門章服儀一卷 6-520
* 釋門歸敬儀一卷 6-521
* 教誡新學比丘行護律儀一卷 6-624
* 淨心誡觀法一卷 6-624
* 最上乘論一卷 6-783
* 大乘阿毘達磨雜集論述記十六卷 7-7
* 大乘法苑義林章十四卷 7-18
* 成唯識論料簡四卷 7-16
* 大乘法苑義林章補闕八卷 7-121
* 大乘法苑義林章决擇記二十卷 7-51
* 十門辨惑論二卷 6-791
* 尼羯磨五卷 7-81
* 釋净土群疑論六卷 7-115
* 一乘佛性究竟論一卷 7-32
* 大乘法界無差別論疏二卷 7-89
* 南海寄歸內法傳四卷 7-113
* 彌沙塞羯磨本二卷 7-40
* 勸發菩提心集五卷 7-122
* 能顯中邊慧日論七卷 7-123
* 北斗七星護摩法一卷 7-69
* 梵天火羅九曜一卷 7-70
* 七曜星辰別行法一卷 7-71
* 看命一掌金一卷 7-72
* 曼殊師利焰曼德迦萬愛秘術如意成就法一卷 7-66
* 建立曼荼羅護摩儀軌一卷 6-748
* 解迷顯智成悲十明論一卷 6-709
* 大乘入道次第章一卷 7-52
* 大乘入道次第章開決一卷 6-729
* 略諸經論念佛法門往生淨土集一卷 6-736
* 大乘開心顯性頓悟真宗論一卷 6-743
* 大乘開心顯性頓悟真宗論一卷 26-713
* 淨土五會念佛誦經觀行儀二卷 6-740
* 淨土五會念佛略法事讚二卷 6-741
* 往生淨土決疑行願二門一卷 26-714
* 念佛三昧寶王論三卷 6-723
* 金剛頂瑜伽中發阿耨多羅三藐三菩提心論略記一卷 6-664
* 頓悟入道要門論一卷 6-666
* 略授三歸五八戒并菩薩戒一卷 6-745
* 新集浴像儀軌一卷 6-663
* 建立曼荼羅及揀擇地法一卷 6-663
* 三聖圓融觀門一卷 6-685
* 六即義一卷 6-675
* 原人論一卷 6-693
* 答順宗心要法門注一卷 6-692
* 黃蘗山斷際禪師傳心法要二卷 6-759
* 敦煌寫本和菩薩戒文一卷 3-48
* 宗鏡錄一百卷 6-698
* 御錄經海一滴六卷 26-759
* 萬善同歸集三卷 6-699
* 心賦注 6-700
* 觀心玄樞一卷 6-701
* 唯心訣一卷 6-702
* 受菩薩戒法序一卷 6-702
* 人天寶鑑一卷 26-498
* 新受比丘六念五觀法一卷 26-728
* 施食通覽一卷 37-503
* 顯密圓通成佛心要二卷 6-707
* 閑居編五十一卷 26-677
* 往生净土懺願儀一卷 26-716
* 信心銘闢義解一卷 26-720
* 宗喀巴大師顯密修行次第科頌一卷 7-142
* 浪忍科判一卷 7-142
* 法界安立圖三卷 26-621
* 净土資糧全集八卷 26-724
* 涵虛堂得通和尚顯正論不分卷 19-773
* 隱夫顯正論不分卷 19-774
* 性善惡論六卷 37-486
* 傳授三壇弘戒法儀三卷 37-516
* 净土生無生論一卷 26-709
* 净土生無生論親聞記二卷 26-722
* 净土生無生論會集一卷 37-491
* 奏對機緣不分卷 21-373