正月，工科给事颜继祖劾福建总兵俞咨皋，下狱。
三月，禁漳、泉人贩海。郑芝龙纵掠福建、浙江海上
六月，福海寇周三陷连江北茭堡，掠巡检印去，赂归之。兵部议招抚郑芝龙。
八月，巡抚熊文灿擒海寇许六于外洋。
文灿铸大铳，造铳船，制火药，精募渔兵，亲出鼓练，以张新标，故擒之。
九月，郑芝龙降于巡抚熊文灿。工科给事中颜继祖言芝龙既降，当责其报效，从之。
时芝龙与李魁奇俱就抚。芝龙授游击，盘踞海滨，上至温、台、吴淞，下至湖广近海州郡，皆报水如故。同时有萧香、白毛并横行海上，后俱为芝龙所并。
祟祯二年（己巳）
四月，寇犯中左所。
广东副总兵陈廷对约芝龙剿寇。芝龙战不利，归闽。不数日，寇大至，犯中左所近港，芝龙又败。寇夜薄中左所。
六月，游击郑芝龙斩叛寇杨六、杨七于金门洋。
抚寇李魁奇复叛，寇海澄，知县余应桂遣兵击败之。
秋，巡抚熊文灿率舟师击贼于吉丫，败绩，海寇周三焚毙。
芝龙初受抚，桀骜难驯，议者以骄子奉之。文灿屏姑息之谋，施反间之策，嗾同党李魁奇叛，芝龙气稍折。魁奇复合周三、锺六以抗之，芝龙始大败求援。
冬，李魁奇伏诛。
魁奇为芝龙所忌，因合锺六击斩之于粤海。