夏五月，公会成功舟师，从大江突京口；即严家沙为坛，禡告。入七里港，攻陷瓜洲，直趋芜湖（「鲁春秋」：『煌言以其师领前锋，开府芜湖。传檄千里，上印者三十有七。时艎艅大小八千余号，大将张茂之总五军。令严，掠一黍者死。断镇江铁索，城中掷帽与堞齐；市肆不惊，商旅如故』。「北征录」：『己亥仲夏，延平以余练习江上形势，推余前驱。抵崇明，余谓延平：「崇沙乃江海门户，悬洲可守；不若先定之为老营」。不听。既济江，议首取瓜步。时金、焦间铁索横江，夹岸置西洋大炮数百位。延平嘱余领水军先陆师入，遂扬帆逆流而上。次炮口，风急流迅不得前，诸艘且进且却；两岸炮弹如雨，水军伤矢石者骨飞肉舞。余叱舟人鼓棹逆入金山，得入仅十七舟，而本辖则十三。次早，师克瓜城。延平欲直取石头，余以润州实长江门户，力赞济师铁瓮。延平虑援骑朝发夕至；余谓「何不遣舟师先捣观音门」？延平意悟，属余督水军往，约直达芜湖。时江潮缩朒，水下如驶，易沙船牵挽而前。未至仪真十五里，吏民遮道来归。舟次六合，得报六月二十四日复润州。余计润州既下，由陆逐北，虽步卒皆铁铠难疾趋，五日亦当达石头城下；即致书张茂之谓：「兵贵神速，水道进师迟绌，非策」。余恐后期，昼夜兼程，抵观音门，乃六月二十八日也。舣棹两宿，战船无一至。乃发轻舟数十，先上芜湖；而身为殿，泊浦口。七月朔，战不利，忽一航至，则辖下犁艚也；乘之复战，后继至，〔虏〕始去而日已曛矣。诘旦，整师前进；部曲驰报，江浦已破。捷闻，延平止余毋往芜关，且扼浦口抚江邑；此七月初四日事也。翌日，延平亦抵七里洲，商取建康；而余所遣先往芜湖诸将捷书至矣。延平谓余：「芜城尤上游门户」；促余旋发。七日抵芜城，传檄诸郡邑，江南、北相率来归者府四、州三、县二十四焉』。按是时公所部义从凡六千人（见徐孚远所撰「奇零草序」）。
七月，大军破成功于江宁，诛其将甘辉、余新（「鲁春秋」作日新）、洪复等；成功遁（「鲁春秋」：『海师战桃湾，不利。甘辉营被劫，大战石灰山，复败绩；失万人，沿江数百里舟师咸去』。「广阳杂记」：『赐姓攻南京，余新为梁化凤所愚，遂不为备。值其寿日，开神策门攻之；余新、甘辉、洪复皆成擒。余新跪请，甘辉不屈死，洪复骂而死。复，泉州同安人。丰姿如妇人，而勇冠三军。赐姓攻漳州，值劫营，失思文所赐七印；复独骑自敌后入营中，挟印囊走。追者至，发三矢，连毙三人，以印反命』。「鲁春秋」：『既执甘辉，责辉劝降成功，酬大爵；辉傲睨曰：「国姓父不能夺国姓，乃仗辉？且辉亦安肯劝国姓也」！请速死，无他言。怒叱日新：「丈夫得死所，濡忍何为」』）。公犹在芜湖，江南、江西总督郎廷佐等遗书招公，公峻词拒之（公与郎总督书略曰：『夫揣摩利钝、指画兴衰，庸夫听之或为色变；而忠贞之士则不然。如仆将略原非所长，止以读书知大义；左袒一呼，甲盾山立。区区此志，以济则藉君之灵，不济则全臣之节。故不惜凭陵风涛之中、纵横锋镝之下，迄今逾一纪矣。同仇渐广，晚节弥坚；此忠臣义士得志之秋也。即不然，谢良平竹帛、抗黄绮衣冠，亦之死靡它；岂复浮词曲说足动其心哉？乃执事俨然以书进，似以仆为可利钝、兴衰动者。虎伥戒途、雁奴伺夜，固无足怪。来书温润，谅执事非愦愦者，遂附数行以复。斩使焚书，适足以见不广；仆亦不为也』。按公是书，集中编年戊戌；据「北征录」则在己亥入芜湖后，「上鲁监国启」亦及此事。全氏「神道碑铭」书『戊戌，江督郎廷佐以书招公，公峻词拒之』；凡两见。按「江南通志」：『顺治四年，设总督，辖江南、江西、河南三省。六年以后，总督不辖河南。「会典」：「九年，总督又移驻南昌，亦称江西总督。未几，复归江宁」。郎公以十一年任江西巡抚，十三年授总督』。戊戌为顺治十五年，公方与延平入东瓯，舟覆复退翁洲，未踰浙境；郎公为江南、江西总督，已越疆涉海贻书劝降，疑非事实。集中编年传写易讹，或系后人据书中「逾一纪」之文而改之；不知戊戌以后，皆得言「逾」也。兹从「北征录」，仍系是年）；既知成功全师入海，援绝路阻，遂弃舟登岸，潜行山谷，复归临亹（「北征录」：『余之按芜也，兵不满千、船不盈百；惟以先声号召大义，江、楚、鲁、卫豪杰多诣军门受约束。余相度形势，一军出溧阳，窥广德；一军镇池郡，扼上游；一军拔和阳，固采石；一军入宁国，偪新安。身往来姑熟间，名为驻节鸠兹，实席不暇暖。正思直取九江，然延平军围石头城者已半月；余闻之上书，大略谓：「顿兵坚城，师老易生他变」。无何，石头师挫，时余在宁国府，报至，遽返芜湖；已七月二十九日矣。初意：石头师即挫，未必遽登舟；即登舟，未必遽扬帆；即扬帆，必且守镇江。故弹压上游，不少退。而郎廷佐、哈哈木、管效忠等遗书相招，余峻词答之；又遣兵复取太平。然江上下音信阻绝，余遣一僧賫帛书由间道款延平，乞益百艘相助；讵意延平不但舍石头去，且弃铁瓮行矣。余欲据城邑，念援绝势孤，终能不守；余名则成，士民何辜？欲冲突出江，池州守兵又未集；因部勒全军，指繁昌。池兵亦至，共议以艨艟竟趋鄱阳；乃决计西上。八月初七日，次铜陵；一军将抵乌沙峡，后队尚维三山。与楚船相值，余横流奋击，沈其四船，溺死无算；以天暮停舟。夜半，楚船遁下流，炮声轰然。辖下兵误为劫营，起帆解缆，一时惊散；或转芜湖、或入焦湖，西江之役已成画饼。余进退维谷，遂沈巨舰江中，易沙船至无为州；拟走焦湖，聚散亡。适英、霍山寨义士来说：「焦湖冬涸，不若入山寨可持久」。因焚舟，提师登岸。至桐城黄金弸，选锐骑驰击，夺马数十，由奇岭进山。十七日，已入霍山界。阳山寨在咫尺，先以书通褚良甫，坚不纳。移札东溪岭，思走英山将军寨；将士疲甚，余强起披衣行。占四课，俱空陷；因申令诘朝早发。余率骑兵前驱，而追骑蹑后；方踰岭，后军报奄至，士卒窜山谷中。余左右止二十余骑，步卒不满百；勒马高坡，后军已截断，首尾不能顾。余念斗死无名，单骑突围走，止一童携印相随。去稍远，牙门将逃而复返，呼之偕行。三人纡回山冈间，迷失道；土人导余乘月行夜，走七十里，望门谋朝炊。主人问所从来？导者答余为馆师、余将则贾客，皆以兵难避，导为送往。进一匕，复行。涂遇散兵十许，见余惊喜，欲相劳苦；导者恐骇耳目，余亦蹑导疾走，村中豪杰竟相遮问。导者谓事露，不反顾；袱被亦负之而趋。余既失道复失导，倾所有分赠诸人，稍稍解去；视其中貌厚者俾导行，其人姓胡，昆季三人。是日，行三十里宿；逆旅主人，胡族属也。胡之季猝至，招兄耳语；却入语余曰：「君自海上来」？余曰：「然。尔何从知之」？胡曰：「君在村中，不见十数人过我门乎？余季问之，知君亦海上人也。恐吾导不力，所以来耳」。胡之老人为余言：「此村向年亦举旗，卒不成；今莫敢动」。余谋所向，佥云：「当从安庆渡江」。余忆旧时宾从歙人朱君，变姓名卖药高河埠。至高河，朱君他往未返。市人见童子之问朱君也，踪迹之；得朱君友徐某、金某阴左右余，令密友何某伴余由枞阳出江。抵张家滩登岸，金与徐别从安庆来会。滩属池之东流，徐之兄卖药于村中，故问津焉。于是由建德、祁门山中走休宁；余复病疟，扶疾而行。冒险奔驰，道路以目。将次祁门，江右义旅陈九思屯朱桥镇。赖导皆歙人，得无他。计程两日，抵休邑。未至三舍，闻兵阻，不得入，止郭外招提。乘间抵城中，寓徐诸父家。其诸父善岐黄，有隐君子风，盛治具。然亦谓余馆师，与其犹子善；不知为余也。兵退，买棹严陵；过新安亭，达街口，逻卒登舟见余，持之急；徐起与哄，事得解。解维过淳安，已入浙矣。会省符插民艇，载兵绝浮梁；余船藏他港，卒为插去。乃迂道走遂安，达严郡，计山行无恐。后自婺之东、义，出天台，以赴海壖；鸟道羊肠，较徽州更甚。时余将已令取道于杭，而金、徐诸人皆不谙浙道里；向者导导余，兹则余导导，然余实茫然问途。已经得至海滨，居人咸来问讯；远近哄然，知余得生还矣』。「鲁春秋」：『煌言师不统于郑，自请先登，以是深入；成功不为声援，急全师去。煌言不得退，提残校入霍山界。历险巇冲击，死散殆尽；至弃骑，伪为失路贾，往往得故义健曲护之。盖是时中原妇竖，无不知大司马煌言忠者』）。
是年，桂王遥授公东阁大学士，兼官如故（「鲁春秋」：『秋，桂王遥敕仍鲁王监国，驻澎湖；晋煌言东阁大学士，兼原官』）。
冬，筑长亭乡海塘（公「山头重筑海塘碑记」略曰：『台之缑城，枕山负海；东鄙，即尾闾也。有乡名长亭，吞吐潮汐，民居与鱼鳖为邻。而地脉涌出，赘附一沙，与龙山对峙，号山头；实沮如场也。后冯、袁诸姓卜筑于此，为浍以瀦山泉、为塘以扞海潮，而族始盛。其俗：树艺之外，皆鱼盐为业；久之亦遂殷阜。国家盛时，海波不扬，邑多贤长吏；滨海丸封，尤鲜戎马驿骚。故上农以力田举科、蛋户以网罟牢盆着姓氏：家礼乐而户诗书，盖彬彬乎盛哉！但邑居介山海间，田阻山则多硗，恒苦暵；田阻海则多咸，恒苦潮。于是乡之人聚族而谋，伐木畚土隆其地、复其障；微〔但〕沧海〔一变〕为桑田，即泻卤胥化〔为〕膏腴矣。十余年来，义旌遍海，戎服繁兴，民力用是益殚；家室不保，遑问封表？由是沈潦内溃、洪涛外啮，向之膏腴仍归泻卤、桑田亦几为沧海矣。余自乙酋飘泊海曲，近复鞠旅于缑城外岛。闻之怆然曰：「民事宁可缓乎」！乃出金五十为倡，鸠工经始；义士冯某等为之醵金钱、聚土木，以虔其事。大抵富者输财、贫者输力，靡不奔走恐后。因就故址增新防，埤者崇之、圯者累之、阙者修之、薄者丰之。自冬徂春，盖三阅月而工竣。虑人情之易媮也，申约：以今时捐财之多寡，为他日授田之广狭；亦可为计及久远者矣』。公「新安溪行」诗：『曲曲溪流曲曲山，青峰千折水千湾；山亭拥雾遥疑塔，水碓舂云巧作关。越榜下滩双桨捷，吴盐到界一帆闲。欲看两岸枫林叶，似送离愁照客颜』。「浮踪同邱含山感赋」诗：『萧瑟干戈事，浮踪已似萍；半床留破席，一室欠疏棂。霜月窥人白，渔灯入夜青。天涯知己在，犹自叹零丁』）。
时大吏已籍公家，夫人董氏及子万祺逮系镇江（公有「代内人狱中有寄」诗：『国破已饮泣，家破复间关。自君之出矣，妾嫠君亦鳏；儿女虽有情，不在别离间。上堂洁脯脡，下堂代斑斓；知君驱汗马，岂敢怨红颜！夷官张罗网，忠义委草菅。奄忽大椿谢，君滞沧海湾；兀然生死魂，并作蛟珠潸。君行宝肤发，奔跣安所还；妾自感百罹，飞蓬在双鬟。衰门既零落，空闺谁贞艰！哀哉井臼妇，终岁困犴狴；非不轻微生，将雏实且孱。圜扉滋味恶，磷青碧血殷。古称东海妇，严霜暑露斑；天胡尝梦梦，莫辨玦与环！如何贯索星，独照望夫山！视彼摩笄峰，高名良可攀。难将妾巾帼，来佐君羽纶；报君还祝君，旗常树人寰』！又「拟答内子狱中有寄」：『盛年不惜别，客久始怀惭。我非蓬蒿人，江湖遂屡淹；况复避豺虎，谁能解征衫。孤雁自西来，仿佛坠书函；书中寄珍重，书外泪重缄。恍见闺中秀，吞声围素缣；卿今陷虎穴，双鱼何从探！珊珊魂魄来，关河谅非谙。棘林魑魅乡，骨肉各生嫌；徲子亦囊头，狼狈形影兼。忆我初行役，兵戈未解严；驰驱悲九折，辗转岁华添。白云空缭绕，长此伤乌衔；水鸥虽忘机，安得此鹣鹣！名教自束躬，柔情非所耽；怜卿持门户，鼎俎心已甘！丰狱有埋剑，紫气若烟炎。莫邪独淹抑，干将惨不銛；神物庶终合，造化焉能歼！生当挽鹿车，死当驾云骖』）。