公在林门。
是年，滇中尽丧所有之地，旁皇徼外。公与海上诸臣谋结郧东郝、李之兵，一道出蜀、一道出黔，以牵其势，使无急进；乃推吴职方鉏南行，然滇中已不可守矣。
延平渡海取台湾，公力阻之；不听。会沿海民居有令内徙恋坟墓者，或不愿往；公谋以军挠之。因再贻延平书，欲令回军相应；延平终不能用（张美翊案曰：是年十二月红夷食尽，延平始得台湾）。
公有「送幕客罗子木往台湾」诗。罗参军子木者，名纶；溧阳人也，海上水师提督蕴章之侄。己亥，阁部师入长江，参军谒于江上，指陈形势；阁部大奇之，曰：『李清河之客也』！将留用之，以父老固辞去。既而以告延平；延平使水师强起焉，署为参谋军事，即令从营，将东下，徇吴会。会江师溃，参军请再战不听，至于涕泣。乃奉其父浮海而南。时阁部自芜湖收散亡，屯林门；参军将往从之。舟次三山，忽遇大兵；参军率家丁力斗，矢集铠如蝟，坠水得生，而其父竟被缚去。参军大恸，旁皇沧溟；思出奇计，以救其父，卒不可得。拔刀自杀，为人所救；送之阁部行营。阁部以伍胥之事慰之；尝为诗序。然参军每思其父，辄椎胸哭，至于呕血。其后奉阁部命入台湾，致书延平；不听。甲辰，同殉难；葬于阁部墓旁。
公有「送吴佩远职方南访行在兼会师郧阳」诗。吴职方鉏，嘉兴人也；东林复社名士。乙酉谋起兵，应太湖；不克，逃去，遍走山寨、海岛之间。尝南觐滇中、北依鲁邸，谒韩王于巫峡、朝益藩于江西，以至通城、瑞昌诸营无不毕到，濒于死亡者屡焉；家亦以是落。晚年，江上烟沈、海中潮落，遯迹柴桑间；与阎孝廉尔梅、徐孝廉枋等为汐社游，不媿谢皋父一辈。初，桂王以己亥入缅；至是三年，李定国连战不利。公集中送吴职方、黎大行，皆海上所使以探消息者。其冬，缅人献王；明年至滇，遇害。然是时定国诸军皆在徼外，安得有会师郧阳之举！按流贼将郝永忠等反正，北保湖南、巴东之间，驻军屯田，自为号令。时有李来亨、刘体仁等十三家分据兴山、巫山、房山、施州、均州、涪州诸寨，声势相倚；所谓郧阳之师者也。后都御史洪中丞育鳌总督湖南诸军，当桂王驻安隆时，疏言『十三家抗险据冲，观衅而动。方今楚、蜀虽失，诸军未有贰志；若有征行，可以兵应』。时盖海上诸公之计，谋结郧师，以抒滇患。忠臣区区悃忱，出于无可奈何；事虽不成，亦可悯也。诸野史皆失记，赖阁部诗得以考见。郧阳诸师虽与桂王连和，然别奉韩王本铉为主，改元「定武」，移书序长幼而不称臣。滇事既平，陕西总督李国英等以七将军出湖南，分道讨诸寨；诸寨据险拒守。癸卯，来亨以疾困甚，合诸寨军力斗四昼夜；国英大挫。甲辰，巫山不能守，育鳌死之；诸寨继破，韩不终。
公有「长鲸行」诗，为郑芝龙而作。是年十月，有告郑芝龙在高俎密谋不轨；前此长江之役，与其子通。有诏：弃市（张美翊案曰：「南天痕」「郑芝龙传」：『是年，芝龙为家人尹大器所首；十月，磔于市）。林太常时对曰：『芝龙为海盗之首，令行岛上；既就抚后，海船不得郑氏令旗，罔敢往来。每舶例入二千金，岁入亿万；以此，故富敌国』。其拥立隆武也，非有恢复大略，不过以权势自雄而已。诸大臣颇不悦，隆武亦渐忌之，堂廉遂积相忤。又畏天兵之盛，知力不能抗，潜思归款；而两招抚洪承畴、黄熙胤故皆福人，因与芝龙通问，许以「闽广总督」之官。芝龙喜于顺命而兼得自莅其土也，遂尽撤守御；是即诗中所谓『不望凤凰之池，但乞蛟龙之穴』者也。及贝勒至，缓兵杀掠；负约，挟之而北，芝龙亦大悔矣。成功少为隆武所奇，既有知己之感；素薄其父之有贰志，遂不顾去。芝龙入京，授精奇尼哈番。甲午，招抚闽岛，以海澄公封成功，并赐芝龙同安侯爵；成功不受，芝龙遂入高俎。辛丑，被人所告，终不免焉。