土地虽经清查，而因地、因人时有异动；其最著者，如分合、变换、买卖、承继以及住址迁徙、更改名姓等是。凡此数者，若清查而不随时更改，则图册与土地不符，实与未曾清查无异。刘氏之清赋事业虽告成功，嗣因继其任者怠于修正，故图册所载多虚少实。日人于开办之次年，发布「异动事项申报规则」，令人民自报；并于各派出所调查完竣之时，招集庄长、委员反复叮嘱，且将申报格式纸预为分给，使之随时禀明。然台湾惯例，土地异动向不申报，沿袭已久，骤难改变；自行申报者不及十分之一。兹将颁行新赋，若依现有图籍编造征收簿册，必与事实不符；且其算定赋率，亦必无所依据。故于地租改革之先，非复行整理不可。明治三十六年，发布「土地异动整理程序」；举凡从前已查而有异动者、或无异动而有误谬者、又或从前所未查者，悉依整理程序澈底清查。但整理事业限于一时，而土地异动无时不有；若不于最短时期一气呵成，则清查之后又须清查，是必终无整齐之一日。自三十六年十月起，骤增多数人员分途并进，务期速成。次年二月，大都告竣；土地清册、连名簿、归户册、官租归户册及荒地清册等亦皆加除更改，尽得土地实情。于是按照新赋等则，总计各等田亩平均分配，定其赋额以施行新赋焉。其整理方法，以简约为主义；不另设派出所为调查之机关，而以各厅之税务科长充整理事务之主干、各厅之属官兼任本局属官专办整理事务，本局不过派遣监督官数人而已。此法不仅经费可省，且各厅人员积有经验，他日整理异动土地，亦必驾轻就熟、易于从事，实一举两得之便法也。